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上海士鋒生物科技有限公司
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引物延伸分析實驗2016/08/22
引物延伸分析用于定量mRNA的量,測定低豐度的mRNA的種類。另外引物延伸實驗可標定轉錄產物的5`-端,確定轉錄的起始。特異的末端標記的引物退火到RNA鏈的互補區(qū)域,隨后用RNA作為模板,用反轉錄酶延伸引物得到cDNA,用變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分析cDNA。cDNA的長度為引物的標記的核苷酸到RNA-5`末端間的堿基數,所得cDNA的量和目的RNA的起始量成正比。理想的引物是ssDNA,長度為20-40個核苷酸,與要分析的轉錄產物的5`末端區(qū)域互補。延伸產物小于150個核苷酸,可得到*分離效果。
核酸酶的分類與發(fā)展史2016/08/15
分類一、核酸外切酶有些核酸酶能從DNA或RNA鏈的一端逐個水解下單核苷酸,所以稱為核酸外切酶。只作用于DNA的核酸外切酶稱為脫氧核糖核酸外切酶,只作用于RNA的核酸外切酶稱為核糖核酸外切酶;也有一些核酸外切酶可以作用于DNA或RNA。核酸外切酶從3′端開始逐個水解核苷酸,稱為3′→5′外切酶,例如,蛇毒磷酸二酯酶即是一種3′→5′外切酶,水解產物為5′核苷酸;核酸外切酶從5′端開始逐個水解核苷酸,稱為5′→3′外切酶,例如:牛脾磷酸二酯酶即是一種5′→3′外切酶,水解產物為3′核苷酸。二、核酸內
平端DNA連接的優(yōu)缺點、要求條件、實驗步驟和注意事項2016/08/04
T4噬菌體dna連接酶不同于大腸桿菌DNA連接酶,它可以催化平端DNA片段的連接(Sgaramella和Khorana,1972;Sgaramella和Ehrlich,1978),由于DNA很容易成為平端,所以這是一個極為有用的酶學物性。有了這樣的物性,才能使任何DNA分子彼此相連。優(yōu)點:1、沒有連不上的,只有切不開的。平末端連接不牽扯到粘性末端的堿基突出問題,所以,理論上任何兩條DNA序列都能連接在一起,當然需要ligase的酶學作用。這個不同DNA分子之間的連接帶來了極大地便利,因為平末端自
植物microRNAs合成過程2016/08/01
microRNAs(miRNAs)constitutealargegroupofendogenoussinglestrandedsmallRNAs(19-24nucleotides)havingnegativeregulatoryfunctionongeneexpression.Theyareprocessedfromlongernon-codingRNAswithcharacteristicfold-backstructuresbydouble-strandspecificRNasesofth
大尺度鑒定miRNA靶點新方法2016/07/27
《自然—方法學》網絡版近日介紹了瑞士蘇黎世大學分子生命科學研究所邁克爾?恩加特納(MichaelOHengartner)研究組發(fā)明的一種大尺度鑒定miRNA靶點新方法。在過去幾年中,隨著實驗和計算方法的發(fā)展和完善,miRNA靶點的鑒定和預測研究取得很大進展。然而,全面正確地鑒定miRNA的生物學相關靶點依然是個難點。恩加特納研究組發(fā)明了一種叫做“選擇性反應監(jiān)測”(selectedreactionmonitoring,SRM)的方法,該方法利用有針對性的質譜技術實現(xiàn)了對miRNA-靶點互作的大尺度
小分子RNA之microRNA綜述2016/07/25
RNA一度被認為僅僅是DNA和蛋白質之間的“過渡”,但越來越多的證據清楚的表明,RNA在生命的進程中扮演的角色遠比我們早前設想的更為重要。RNA干擾(RNAinterference)的發(fā)現(xiàn)使得人們對RNA調控基因表達的功能有了全新的認識,更因為可以簡化/替代基因敲除而成為研究基因功能的有力工具,因此格外引人注意,在2002年度Science評選的*科學成就中RNAi名列。隨著對小分子RNA研究的不斷深入,研究人員開始認識到:小分子RNA的世界一點都不小。有人推測:小分子RNA可能代表發(fā)現(xiàn)了一個新
大腸桿菌與操縱子學說2016/07/20
1961年,法國科學家莫諾(J·L·Monod,1910-1976)與雅可布(F·Jacob)發(fā)表“蛋白質合成中的遺傳調節(jié)機制”一文,提出操縱子學說,開創(chuàng)了基因調控的研究。四年后的1965年,莫諾與雅可布即榮獲諾貝爾生理學與醫(yī)學獎。莫諾與雅可布zui初發(fā)現(xiàn)的是大腸桿菌的乳糖操縱子。這是一個十分巧妙的自動控制系統(tǒng),這個自動控制系統(tǒng)負責調控大腸桿菌的乳糖代謝。乳糖可作為培養(yǎng)大腸桿菌的能源。大腸桿菌能產生一種酶(叫做“半乳糖苷酶”),能夠催化乳糖分解為半乳糖和葡萄糖,以便作進一步的代謝利用。編碼半乳糖
重組體DNA分子的選擇與鑒定2016/07/18
“選擇”(selection)和“篩選”(screening)的基本含義。選擇,是指通過某種外來附加壓力(或因素)的辨別作用,呈現(xiàn)具有重組DNA分子的特定克隆類型的一種方法。選擇所涉及的范圍較為廣泛,包括根據克隆載體提供的表型特征的簡單選擇(simpleselection),和根據突變的互補作用對克隆基因的直接選擇(directselection)。篩選則是指通過某種特定的方法,從被分析的細胞群體或基因文庫中,鑒定出真正具有所需要重組DNA分子的特定克隆的過程。一.遺傳檢測法(1)根據載體表型特
重組DNA的轉化和藍白篩選2016/07/15
體外連接的重組DNA分子導入合適的受體細胞才能進行大量復制,增殖和表達,其首要目的是獲得大量的克隆基因。雖然PCR技術,體外轉錄及翻譯系統(tǒng)能部分達到大量擴增的目的,但畢竟受到體外操作的許多限制。重組質粒導入宿主細胞zui常用的方法之一就是轉化(transformation)。轉化這一概念來源于遺傳學:細菌細胞的生物學由于吸收外源DNA發(fā)生可遺傳的改變叫轉化。很多細菌如桿菌,鏈霉菌屬能自然發(fā)生轉化,其它菌屬包括大腸桿菌自然狀態(tài)下無法發(fā)生轉化,但可以通過人工誘導使其處在易于接受外源DNA分子的狀態(tài)即
重組質粒的連接、轉化及篩選2016/07/12
質粒具有穩(wěn)定可靠和操作簡便的優(yōu)點。如果要克隆較小的dna片段(外源DNA片段和質粒載體的連接反應策略有以下幾種:1、帶有非互補突出端的片段用兩種不同的限制性內切酶進行消化可以產生帶有非互補的粘性末端,這也是zui容易克隆的DNA片段,一般情況下,常用質粒載體均帶有多個不同限制酶的識別序列組成的多克隆位點,因而幾乎總能找到與外源DNA片段末端匹配的限制酶切位點的載體,從而將外源片段定向地克隆到載體上。也可在PCR擴增時,在DNA片段兩端人為加上不同酶切位點以便與載體相連。2、帶有相同的粘性末端用相
受體菌感受態(tài)細胞的制備方法2016/07/04
目的與原理當細菌處于容易吸收外源DNA的狀態(tài)時,即為感受態(tài),而用理化手段使細菌處于感受態(tài)的操作為致敏過程。感受態(tài)細胞制備是重組基因能否實現(xiàn)轉化的一個重要的技術環(huán)節(jié)。本試驗是通過鈣離子來誘導使之成為感受態(tài)細胞。二、材料和方法1.材料:大腸桿菌2.儀器:離心機,恒溫搖床,恒溫水浴,超凈工作臺,冰柜3.試劑lb培養(yǎng)基,0.1MMgCl2,3mM氯化六氮合高鈷TFB:10MmMES(pH6.3)45MmMnCl210MmCaCl210MmKCl三、操作步驟大腸桿菌在LB培養(yǎng)基平板上劃線培養(yǎng)12-16小時
DNA目的片段的回收方法2016/06/30
一、原理回收目的片段的方法很多,常用的有凍融法,低熔點瓊脂糖法,透析代法、電泳回收法、玻璃孔回收法等。本實驗采用電泳回收法。通過特別的V形電泳槽,將挖出的含有目的片段的凝膠置于V形槽前,接通電泳電源,DNA即進入V形管中,回收V形管中溶液即可,V形管較小,回收的DNA片段能保持較高的濃度。二、實驗步驟1.大量酶切產物的電泳分離:瓊脂糖為0.8%,選用大型電泳槽及厚梳子,并載低電壓下電泳以提高分辨率。2.紫外燈下用刀片小心切出含1000bpDNA片段的凝膠。3.把凝膠片置于特制的V型槽平臺上,在V
RNAi的作用機制及其放大效應2016/06/28
RNAi的作用機制RNAi的作用體現(xiàn)在兩種水平上①轉錄水平。RNA可以介導DNA的甲基化(RNA-directedDNAmethylation,RdDM)zui早發(fā)現(xiàn)于一種植物的類病毒系統(tǒng)。dsRNA(double-strandRNA)被降解成21~23個核苷酸長的小片段RNA時,這些小的RNA分子在細胞核可以誘發(fā)同源序列的DNA甲基化。這種序列特異性的甲基化的信號與RNA-DNA結合有關。當dsRNA含有與啟動子同源的序列,即可使同源靶啟動子序列甲基化,從而使靶啟動子失去功能,導致下游基因沉默
microRNAs技術簡介2016/06/22
micrornAs(miRNAs)是一種小的,類似于siRNA的分子,由高等真核生物基因組編碼,miRNA通過和靶基因mRNA堿基配對引導沉默復合體(RISC)降解mRNA或阻礙其翻譯。miRNAs在物種進化中相當保守,在植物、動物和真菌中發(fā)現(xiàn)的miRNAs只在特定的組織和發(fā)育階段表達,miRNA組織特異性和時序性,決定組織和細胞的功能特異性,表明miRNA在細胞生長和發(fā)育過程的調節(jié)過程中起多種作用。盡管在10年前已經發(fā)表了*篇關于miRNA的論文,直到zui近miRNA的普遍性和重要性才逐漸被
DNA的限制性酶切及電泳分析實驗方法2016/06/15
基本原理限制性核酸內切酶是一類能識別雙鏈DNA中特定堿基順序的核酸水解酶(水解磷酸二酯鍵)。根據酶的識別切割特性、催化條件及是否具有修飾酶活性,可分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型三大類。通常所指的DNA限制性核酸內切酶就是Ⅱ型酶。主要試劑重組質粒DNA插入片段300bp本實驗所用限制性核酸內切酶為EcoRⅠ,其識別順序為:5′----G↓AATTC----3′3′----CTTAA↑G----5′磷酸二脂鍵斷裂產生5′粘性末端。操作步驟1.反應體系的建立:⑴在一無菌1.5mleppendorf管中加入:無菌雙
mRNA的分離純化2016/06/02
真核生物的mRNA分子是單順反子,是編碼蛋白質的基因轉錄產物。真核生物的所有蛋白質歸根到底都是mRNA的翻譯產物,因此,高質量mRNA的分離純化是克隆基因、提高cdna文庫構建效率的決定性因素。哺乳動物平均每個細胞含有約1x10-5?gRNA,理論上認為每克細胞可分離出5~10mgRNA。其中rRNA為75%~85%,tRNA占10%~16%,而mRNA僅占1%~5%,并且mRNA分子種類繁多,分子量大小不均一,表達豐度也不一樣。真核生物mRNA有特征性的結構,即具有5’端帽子結構(m7G)和3
JM109,DH,BL21感受態(tài)有何區(qū)別2016/05/30
1:DH菌株DH是一種常用于質粒克隆的菌株。E.coliDH在使用pUC系列質粒載體轉化時,可與載體編碼的β-半乳糖苷酶氨基端實現(xiàn)α-互補。可用于藍白斑篩選鑒別重組菌株。基因型:F-,φ80dlacZΔM15,Δ(lacZYA-argF)U169,deoR,recA1,endA1,hsdR17(rk-,mk+),phoA,supE44,λ-,thi-1,gyrA96,relA12:BL21(DE3)菌株該菌株用于表達克隆于含有噬菌體T7啟動子的表達載體(如pET系列)的基因。T7噬菌體RNA聚合
小RNA與蛋白質的相互作用2016/05/25
摘要:小分子調控RNA,包括siRNA(smallinterferingRNA)、miRNA(micrornA)和piRNA(piwiinteractingRNA)、hsRNA(heterochromatinassociatedsmallRNA)等,是當前生命科學研究的前沿熱點。越來越多的證據表明,這些小分子RNA存在于幾乎所有較高等的真核生物細胞中,對生物體具有非常重要的調控功能。它們通過各種序列特異性的RNA基因沉默作用,包括RNA干擾(RNAi)、翻譯抑制、異染色質形成等,調控諸如生長發(fā)育
植物DNA的提取與測定2016/05/23
一、目的隨著基因工程等分子生物學技術的迅速發(fā)展及廣泛應用,人們經常需要提取高分子量的植物DNA,用于構建基因文庫、基因組southern分析、酶切及克隆等,這是研究基因結構和功能的重要步驟。本實驗目的是學習從植物材料中提取和測定DNA的原理并掌握CTAB提取DNA的方法,進一步了解DNA的性質。二、原理細胞中的DNA絕大多數以DNA-蛋白復合物(DNP)的形式存在于細胞核內。提取DNA時,一般先破碎細胞釋放出DNP,再用含少量異戊醇的氯仿除去蛋白質,zui后用乙醇把DNA從抽提液中沉淀出來。DN
DNA測序原理和方法2016/05/16
DNA序列測定分手工測序和自動測序,手工測序包括Sanger雙脫氧鏈終止法和Maxam-Gilbert化學降解法。自動化測序實際上已成為當今DNA序列分析的主流。美國PEABI公司已生產出373型、377型、310型、3700和3100型等dna測序儀,其中310型是臨床檢測實驗室中使用zui多的一種型號。本實驗介紹的是ABIPRISM310型DNA測序儀的測序原理和操作規(guī)程。【原理】ABIPRISM310型基因分析儀(即DNA測序儀),采用毛細管電泳技術取代傳統(tǒng)的聚丙烯酰胺平板電泳,應用該公司
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