1：DH菌株
DH是一種常用于質粒克隆的菌株。E.coli DH在使用pUC系列質粒載體轉化時，可與載體編碼的β－半乳糖苷酶氨基端實現α－互補。可用于藍白斑篩選鑒別重組菌株。

基因型：F-，φ80dlacZΔM15，Δ(lacZYA-argF)U169，deoR，recA1，endA1，hsdR17(rk-，mk+)，phoA，supE44，λ-，thi-1，gyrA96，relA1

2：BL21(DE3) 菌株

該菌株用于表達克隆于含有噬菌體T7啟動子的表達載體（如pET系列）的基因。T7噬菌體RNA聚合酶位于λ 噬菌體DE3區，該區整合于BL21的染色體上。該菌適合表達非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT， hSDS（rBB-mB－），gal， dcm（DE3）

3：BL21(DE3) pLysS菌株

該菌株含有質粒pLysS，因此具有氯霉素抗性。PLysS含有表達T7溶菌酶的基因，能夠降低目的基因的背景表達水平，但不干擾目的蛋白的表達。該菌適合表達毒性蛋白和非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT hsdS（rBB-mB－），gal， dcm（DE3，pLysS ，Camr

4：JM109菌株

該菌株在使用pUC系列質粒載體進行DNA轉化或用M13 phage載體進行轉染時，由于載體DNA產生的LacZa多肽和JM09編碼的LacZΔM15進行α－互補，從而顯示β－半乳糖苷酶活性，由此很容易鑒別重組體菌株

基因型：recA1，endA1，gyrA96，thi－1，hsdR17，supE44，relA1，Δ（lac－proAB）/F’[traD36，proAB+，lacIq，lacZΔM15]