PRM數(shù)據(jù)分析用什么工具？檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

Parallel Reaction Monitoring（PRM）是基于高分辨率、高質(zhì)量精度質(zhì)譜平臺的靶向dànbáizhì定量技術(shù)，廣泛應(yīng)用于腫瘤標(biāo)志物驗證、藥物靶點確認(rèn)、信號通路研究等領(lǐng)域。相比選擇反應(yīng)監(jiān)測（SRM/MRM），PRM 利用 Orbitrap 或 Q-TOF 等高分辨率質(zhì)譜儀器記錄全部碎片離子，提高了分析的選擇性和準(zhǔn)確性。本文將系統(tǒng)介紹PRM數(shù)據(jù)分析常用工具的原理、特點及適用場景，詳細(xì)解析分析流程，并結(jié)合百泰派克生物科技在該領(lǐng)域的實踐經(jīng)驗，幫助生命科學(xué)研究人員全面掌握這項關(guān)鍵技術(shù)。

一、PRM技術(shù)簡介與數(shù)據(jù)分析需求

PRM 是基于數(shù)據(jù)依賴獲取（DDA）或先驗知識構(gòu)建靶標(biāo)肽段列表，在高分辨質(zhì)譜儀中通過選擇一級母離子（precursor）并采集所有對應(yīng)的二級碎片離子（fragment ion），實現(xiàn)高特異性、高重現(xiàn)性的靶向定量。由于 PRM 產(chǎn)生的數(shù)據(jù)包含多個離子的色譜峰信息，分析時需要從原始數(shù)據(jù)中提取、校準(zhǔn)、積分、標(biāo)準(zhǔn)化并進行統(tǒng)計比較，這對分析軟件提出了較高要求。因此，選擇合適的工具尤為關(guān)鍵。

二、主流PRM數(shù)據(jù)分析工具詳解

1、Skyline：開放、靈活且功能強大的shǒuxuǎn工具

Skyline是由華盛頓大學(xué)MacCoss實驗室開發(fā)的免費開源軟件，廣泛支持PRM、SRM、DIA、MS1全掃描等模式。其高度模塊化、強大的圖形界面和活躍的用戶社區(qū)，使其成為 PRM 分析的事實標(biāo)準(zhǔn)。

（1）功能亮點

• 支持 Thermo、SCIEX、Agilent、Waters 等主流平臺的原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入

• 與光譜庫（如 NIST、PeptideAtlas、DIA-NN）無縫對接，提升肽段識別準(zhǔn)確性

• 可視化程度高：支持 XIC（提取離子色譜圖）圖譜和峰面積手動校正

• 內(nèi)置多種歸一化策略（總離子強度、內(nèi)標(biāo)、對等肽段）

• 支持多種格式導(dǎo)出結(jié)果，便于進一步統(tǒng)計分析（如導(dǎo)入 R 或 Python）

（2）分析流程概覽

• 導(dǎo)入原始數(shù)據(jù)（Thermo .raw、.mzML 等格式）

• 構(gòu)建靶標(biāo)肽段列表（可來自 DDA、公開數(shù)據(jù)庫或手動定義）

• 提取碎片離子色譜圖并進行峰識別

• 手動或自動進行積分與定量

• 使用 QC 肽段進行標(biāo)準(zhǔn)化，生成定量報告

Skyline 在科研人員中口碑jíjiā，適合對數(shù)據(jù)透明性和可重復(fù)性要求高的基礎(chǔ)研究項目。

2、SpectroDive：為商業(yè)化項目設(shè)計的高通量分析工具

SpectroDive是瑞士Biognosys公司推出的一款商業(yè)軟件，專為PRM和MRM數(shù)據(jù)設(shè)計，具備更強的自動化和統(tǒng)計處理能力，適合工業(yè)級應(yīng)用和大規(guī)模多中心驗證項目。

（1）軟件優(yōu)勢

• 自動化程度高，適合非程序員用戶快速上手

• 可通過 UI 直觀設(shè)置肽段庫、內(nèi)標(biāo)、定量規(guī)則和統(tǒng)計閾值

• 支持異構(gòu)樣本比對、多組學(xué)聯(lián)合分析

• 輸出圖形美觀、報告zhuānyè，便于直接用于項目交付或發(fā)表

（2）推薦應(yīng)用

• 生物標(biāo)志物臨床前驗證

• CRO/CMO 服務(wù)中的標(biāo)準(zhǔn)化定量流程

• 需要快速交付和 GMP 環(huán)境支持的項目

3、OpenSWATH + pyProphet：兼容DIA的高通量替代方案

OpenSWATH原用于DIA分析，但配合pyProphet進行靶向肽段選擇和結(jié)果統(tǒng)計，也可以進行PRM數(shù)據(jù)分析，特別適合需要驗證 DDA/DIA 發(fā)現(xiàn)結(jié)果的用戶。

（1）工具組合特點

• 開源、模塊化，可與 Nextflow、Galaxy 等數(shù)據(jù)流程平臺集成

• 提供打分機制（m-score）判斷肽段可靠性

• 與 TRIC 等工具結(jié)合實現(xiàn)跨批次對齊與歸一化

（2）適用范圍

• 大規(guī)模篩選結(jié)果的后期驗證

• 項目開發(fā)初期數(shù)據(jù)探索階段

• 自動化處理流水線構(gòu)建

三、百泰派克生物科技：一站式PRM分析解決方案

在百泰派克生物科技，我們依托Thermo Orbitrap Fusion Lumos 與Exploris系列平臺，結(jié)合Skyline分析流程，提供從靶標(biāo)篩選到數(shù)據(jù)解讀的全流程PRM分析服務(wù)。我們的技術(shù)特色：

1、高精度儀器平臺：支持多級質(zhì)譜（MSn）、自動極性切換與動態(tài)范圍拓展

2、標(biāo)準(zhǔn)化肽段數(shù)據(jù)庫：基于多項目經(jīng)驗構(gòu)建的高覆蓋率、高特異性靶標(biāo)庫

3、質(zhì)量控制體系：包括穩(wěn)定同位素內(nèi)標(biāo)、QC 肽段監(jiān)控與批間效應(yīng)修正

4、定制化數(shù)據(jù)報告：根據(jù)客戶需求輸出圖表化報告、統(tǒng)計分析結(jié)果和原始數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)

PRM 作為現(xiàn)代蛋白組學(xué)中zuì具潛力的靶向定量技術(shù)之一，正逐步從科研走向產(chǎn)業(yè)落地。選擇合適的PRM數(shù)據(jù)分析工具（如 Skyline 的靈活性、SpectroDive 的自動化或 OpenSWATH 的高通量兼容），將直接決定實驗結(jié)果的可靠性和可解釋性。百泰派克生物科技始終致力于將前沿質(zhì)譜技術(shù)與標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)分析相結(jié)合，為科研人員和企業(yè)客戶提供高質(zhì)量、高效率的蛋白定量解決方案。如果您有相關(guān)項目需求，歡迎隨時聯(lián)系我們獲取免費評估與定制方案建議。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，填補技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細(xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

PRM數(shù)據(jù)分析用什么工具？檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹