Bottom-Up蛋白質組學數據分析流程檢測技術服務詳情介紹

Bottom-Updànbáizhì組學通過酶解dànbáizhì獲得肽段，再經質譜鑒定與定量，zuì終反推dànbáizhì的種類與豐度。這一方法以其高通量、靈敏度高和適配性強等優點，廣泛應用于生物標志物發現、疾病機制研究和藥物開發等領域。以下是標準的Bottom-Updànbáizhì組學數據分析流程。

一、樣本準備與dànbáizhì酶解

Bottom-Updànbáizhì組學的dìyī步是dànbáizhì提取和酶解。針對不同的樣本類型，如組織、細胞或體液，需選用合適的裂解方法和緩沖液，確保dànbáizhì提取完整并保留天然修飾信息。隨后通過BCA或Bradford法對蛋白濃度進行定量，并利用SDS-PAGE初步評估dànbáizhì量。核心步驟是使用yídànbáiméi對dànbáizhì進行特異性酶解，形成適合質譜分析的肽段混合物，必要時還可使用Lys-C、Glu-C等酶進行聯合酶解以提高覆蓋率。

1、dànbáizhì提取

不同組織或細胞類型需采用特定的裂解液與處理方法（如超聲、加熱或機械破碎），以確保dànbáizhì完整性和提取效率。

2、dànbáizhì定量與質量控制

采用BCA或Bradford法進行蛋白濃度測定，結合SDS-PAGE初步評估dànbáizhì質量。

3、酶解處理（通常使用yídànbáiméi）

通過酶切將dànbáizhì分解為肽段，形成適于質譜分析的復雜肽混合物。

二、LC-MS/MS分析

酶解后的肽段先經過高效液相色譜分離，再進入質譜儀進行MS1和MS2掃描。當前主流質譜平臺如Thermo的Orbitrap Exploris、Bruker的timsTOF Pro，以及Sciex的TripleTOF均具備高分辨率和高掃描速度，適用于不同的研究需求。常用的質譜采集模式包括：

DDA（Data-Dependent Acquisition）：選擇信號強度前N的前體離子進行碎裂分析。

DIA（Data-Independent Acquisition）：無偏采集所有離子窗口，適合大規模蛋白定量。

百泰派克生物科技依托Orbitrap Exploris與timsTOF等gāoduān平臺，配合高精度納升液相系統，實現高覆蓋、高重復性的數據采集，滿足復雜樣本的深度分析需求。

三、原始數據處理

1、數據格式轉換

不同廠商的質譜儀生成的數據格式各異，如.raw（Thermo）、.wiff（Sciex），需轉換為標準格式（如.mzML、.mgf），以便于在開源或商業軟件中進一步

2、肽段鑒定

數據轉換后，需借助數據庫搜索引擎（如MaxQuant、MSFragger、Proteome Discoverer）將MS/MS譜圖與參考蛋白數據庫進行比對，從而識別肽段序列及其修飾信息。FDR（通常控制在1%）用于保障鑒定的置信度。

3、dànbáizhì推斷與定量

通過將多個來源于同一蛋白的肽段進行整合，可推斷蛋白的存在與豐度。定量策略包括：

（1）Label-free：無需標記，適用于大樣本隊列；

（2）TMT/iTRAQ等同位素標記法：可實現多樣本批量比對；

（3）DIA：結合光譜庫實現更高的定量穩定性和深度。

四、數據質量控制與標準化

為確保數據分析的準確性與可靠性，必須對原始數據進行多維質量控制：

（1）缺失值處理：采用*（如KNN、隨機森林）或過濾策略；

（2）樣本間一致性檢驗：計算皮爾遜相關系數，排查異常樣本；

（3）PCA分析：判斷樣本是否存在批次效應或分類趨勢。

五、差異表達分析

六、功能富集與通路分析

識別出的差異蛋白需進一步進行生物學解釋。可借助GO、KEGG、Reactome等數據庫，開展功能注釋與通路富集分析，揭示其參與的生物過程、分子功能或信號通路。同時，利用STRING數據庫構建蛋白互作網絡（PPI），識別關鍵調控節點（Hub Proteins），并通過Cytoscape進行網絡可視化與模塊分析。

Bottom-Updànbáizhì組學數據分析流程覆蓋從樣本到生物學解讀的全鏈路。每一環節的優化都將直接影響數據的深度與可信度。借助百泰派克生物科技在樣本處理、質譜平臺和生信分析方面的綜合優勢，研究人員可以專注于科學問題本身，而非數據處理細節。如您有dànbáizhì組學項目需求，歡迎咨詢我們定制高通量、高準確率的質譜解決方案！

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上*的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術*，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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