De Novo測序常見問題解析檢測技術服務詳情介紹

在dànbáizhì組學與抗體研究中，De Novo測序技術以其不依賴數據庫、可還原完整蛋白序列的dútè優勢，成為科研人員和生物醫藥企業的重要工具。尤其在抗體序列解析、古蛋白重建、新型抗原發現等場景下，De Novo幾乎是wéiyī可行的解決方案。然而，由于該技術涉及復雜的質譜數據解讀與算法重建，許多科研人員在項目初期常常存在各種疑問。本文整理出在項目溝通中zuì常被問到的七大問題，并提供zhuānyè解析與建議。

Q1：De Novo測序到底能不能保證“100%準確”？

答案：理論上不能，實際上可以非常接近。

De Novo測序依賴的是肽段的質譜碎片圖譜，準確性受限于：

（1）酶解覆蓋度

（2）MS/MS碎片質量

（3）同位肽異構體分辨能力

在理想條件下（多酶酶解、高分辨率儀器、人工校核），可實現95%以上的序列還原準確率。CDR等關鍵區域通常會被重點覆蓋與校驗。百泰派克生物科技在項目中采用雙平臺并行+人工驗證+結構建模輔助策略，確保提供的序列具備重組表達和功能復現能力。

Q2：必須使用純化蛋白樣本嗎？能不能從血清或細胞上清直接測？

答案：不是必須，但推薦盡量純化。

De Novo測序的前提是對目標蛋白進行高質量的酶解與碎片采集。在復雜背景下直接測定會引入大量干擾肽段，尤其是抗體中的輕鏈重鏈含量遠低于其他血漿蛋白（如白蛋白、免疫球蛋白家族成員）。

百泰派克生物科技可提供：

（1）蛋白A/G親和純化

（2）SDS-PAGE或SEC預純處理

（3）特異性抗體pull-down技術

以確保即使是從血清、組織液或低表達細胞中，也能獲得適用于De Novo測序的高純度樣本。

Q3：只要一臺高分辨率質譜儀就能做De Novo了嗎？

答案：不止儀器，算法和經驗同樣關鍵。

雖然Orbitrap、TOF等gāoduān儀器能提供jīngzhǔn的碎片信息，但De Novo真正的難點在于：

（1）多酶酶解策略設計

（2）片段重疊拼接邏輯

（3）近似肽段的錯配糾正

（4）數據后處理與人工干預能力

百泰派克使用自研算法融合主流軟件（PEAKS、pNovo、Novor等），結合人工審校機制+結構模板匹配分析，實現從原始MS數據到可表達序列的完整轉化。

Q4：De Novo能不能識別dànbáizhì的翻譯后修飾（PTMs）？

答案：可以，但需要特別設計實驗流程。

常見的翻譯后修飾包括糖基化（N-型、O-型），磷酸化、甲基化、乙酰化，氧化、脫酰胺等。在De Novo測序中，修飾位點會影響碎片圖譜的質量與解讀算法的判斷，因此需要：

（1）提前告知目標修飾類型

（2）選用適當的富集策略（如HILIC、IMAC）

（3）啟用修飾搜索參數

Q5：CDR區這么關鍵，能確保100%還原嗎？

答案：CDR還原準確性是核心評價標準。

抗體的互補決定區（CDR）是與抗原結合的關鍵結構，其序列高度多變，往往在公共數據庫中無匹配項，因此只能依賴De Novo重建。我們通常采用：

（1）多種酶組合（Trypsin + Chymotrypsin + GluC）

（2）酶解重復覆蓋

（3）CDR特異性富集算法

（4）與抗體結構模板進行序列預測交叉驗證

從而實現對CDR的高準確率識別與還原，在多數項目中可達到CDR區95%以上的覆蓋與100%功能還原。

Q6：如果我手頭只有10 µg蛋白，還能做De Novo嗎？

答案：可以，但建議>20 µg更穩妥。

現代高靈敏度質譜儀器已可在低樣本量條件下進行MS/MS采集，但：

• 樣本越少，酶解重復性與覆蓋度下降

• 特異性修飾或微量異構體信息可能遺漏

百泰派克已建立低樣本量De Novo測序流程，支持：

* 10 µg起始量的全序列解析

• 特殊樣本的微量富集（如IP抗體）

• “多輪重復 + 信息整合式解讀”策略

Q7：項目周期多久？我多久能拿到抗體完整序列？

答案：標準項目為3-4周，急件可加速至10個工作日。

項目周期受以下因素影響：

• 樣本復雜度（純化程度、修飾情況）

• 是否需要PTM圖譜、結構建模等增值內容

• 是否需重組表達與功能驗證

百泰派克生物科技提供多種項目優先等級選擇，技術團隊支持從樣本接收、項目設計、數據解讀到下游表達一體化服務，確保您zuì快拿到可復現、可表達的抗體序列信息。

百泰派克生物科技：從De Novo到功能驗證的一站式服務平臺

作為質譜驅動的抗體研究服務提供商，百泰派克生物科技已累計完成200+例高難度De Novo抗體測序項目，包括：

* 臨床來源多克隆抗體序列重建

• 疫苗免疫小鼠B細胞抗體譜圖解析

• zhuānlì抗體重建與結構比對驗證

• 特殊修飾抗體（如糖基化）全序列圖譜重建

我們堅持以“算法+經驗+驗證”三位一體的方法學策略，解決每一例高復雜度挑戰，為科研客戶提供真正可靠的技術支持。De Novo測序是一門技術壁壘高、數據處理復雜、解釋自由度大的技術。理解其原理與邊界，是每一位科研人員在項目啟動前應掌握的基礎。我們希望本篇常見問題解析，能夠幫助您理性判斷、jīngzhǔn溝通、科學規劃實驗流程。如您有樣本準備、實驗設計或技術細節問題，歡迎添加百泰派克技術顧問微信或訪問在線留言，我們將dìyī時間為您提供個性化解決方案。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術優良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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