從失敗到精準(zhǔn)：肽測(cè)序常見問題與優(yōu)化建議檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

肽測(cè)序（Peptide Sequencing）技術(shù)以通過高分辨質(zhì)譜和生物信息學(xué)分析，科研人員得以解析dànbáizhì的氨基酸序列、翻譯后修飾及其動(dòng)態(tài)變化。肽測(cè)序（Peptide Sequencing）作為蛋白組學(xué)研究中的核心技術(shù)，廣泛應(yīng)用于dànbáizhì鑒定、翻譯后修飾分析、新抗原發(fā)現(xiàn)、藥物研發(fā)等領(lǐng)域。然而，然而，肽測(cè)序?qū)嶒?yàn)中，常因樣品質(zhì)量、酶解效率、質(zhì)譜參數(shù)、數(shù)據(jù)分析流程等因素，導(dǎo)致結(jié)果不理想甚至失敗。因此，分析肽測(cè)序常見問題與優(yōu)化建議對(duì)于肽測(cè)序的技術(shù)的提升至關(guān)重要，助力科研工作者從失敗走向jīngzhǔn。

一、肽測(cè)序的常見問題

1、序列覆蓋度低，導(dǎo)致蛋白鑒定不全

問題表現(xiàn)：實(shí)驗(yàn)結(jié)果中部分肽段未被測(cè)到，導(dǎo)致整體序列覆蓋度低，甚至影響蛋白鑒定結(jié)果的可信度。

主要原因：

（1）樣品中肽段含量低，未被有效檢測(cè)

（2）特定肽段因疏水性強(qiáng)、質(zhì)荷比（m/z）不理想，電離效率低

（3）酶解不wánquán，產(chǎn)生未預(yù)期的肽段

（4）特殊修飾或二硫鍵導(dǎo)致肽段提取和電離困難

2、測(cè)序結(jié)果重復(fù)性差，重現(xiàn)性低

問題表現(xiàn)：相同樣本在多次肽測(cè)序?qū)嶒?yàn)中結(jié)果不一致，重現(xiàn)性差。

主要原因：

（1）樣本制備不規(guī)范（如蛋白提取、酶解效率波動(dòng)）

（2）樣品濃度與復(fù)雜度未優(yōu)化，導(dǎo)致電噴霧電離（ESI）不穩(wěn)定

（3）儀器參數(shù)設(shè)置不合理，如碰撞能（CE）、掃描速率等

（4）實(shí)驗(yàn)批次間操作差異（如上樣量、流動(dòng)相梯度）

3、修飾位點(diǎn)識(shí)別不準(zhǔn)確

問題表現(xiàn)：肽段中的翻譯后修飾（PTMs）未被檢測(cè)或定位錯(cuò)誤，影響后續(xù)功能研究。

主要原因：

（1）酶解條件未針對(duì)修飾位點(diǎn)優(yōu)化

（2）特定修飾（如磷酸化、糖基化）在MS/MS中信號(hào)弱，易丟失

（3）數(shù)據(jù)庫(kù)搜索參數(shù)設(shè)置不當(dāng)，未考慮修飾質(zhì)量偏移

（4）儀器分辨率不足以區(qū)分同位素峰和修飾峰

4、 異構(gòu)體和同分異構(gòu)肽段混淆

問題表現(xiàn)：含有同一氨基酸組成但序列不同（異構(gòu)體）的肽段在MS/MS中無(wú)法區(qū)分，導(dǎo)致測(cè)序錯(cuò)誤。

主要原因：

（1）CID（碰撞誘導(dǎo)解離）或HCD（高能碰撞解離）模式下，異構(gòu)體產(chǎn)生相似碎片離子

（2）數(shù)據(jù)庫(kù)匹配算法缺乏區(qū)分同分異構(gòu)體能力

（3）缺乏輔助信息（如保留時(shí)間、同位素分布）進(jìn)行驗(yàn)證

二、優(yōu)化肽測(cè)序流程的系統(tǒng)建議

1、樣品前處理優(yōu)化：從源頭提升信噪比

（1）提高蛋白提取效率：采用多種裂解方法（如超聲、尿素緩沖、SDS-PAGE前分離）確保提取效率

（2）jīngzhǔn定量和上樣：使用BCA法定量，確保上樣濃度合適（常見推薦1-10 µg）

（3）優(yōu)化酶解條件：控制溫度（37°C）、酶與底物比例（1:50或1:100），并結(jié)合多酶策略（如Trypsin+LysC）提升酶解wánquán度

（4）去除鹽和污染物：采用固相萃?。⊿PE）或C18柱脫鹽，減少離子抑制

2、質(zhì)譜平臺(tái)選擇與參數(shù)優(yōu)化

（1）選擇高分辨質(zhì)譜儀：如Orbitrap Fusion、Q-Exactive HF-X，確保高靈敏度和質(zhì)量精度

（2）合理設(shè)置碰撞能：針對(duì)目標(biāo)肽段優(yōu)化CE，平衡碎片離子豐度與覆蓋度

（3）采用多級(jí)質(zhì)譜（MS^n）：對(duì)復(fù)雜修飾或同分異構(gòu)體進(jìn)行更高層次的結(jié)構(gòu)解析

（4）利用動(dòng)態(tài)排除和自動(dòng)增益控制（AGC）：提高多肽檢測(cè)覆蓋率與動(dòng)態(tài)范圍

3、數(shù)據(jù)庫(kù)搜索與算法提升

（1）選擇全面的數(shù)據(jù)庫(kù)：包含翻譯后修飾（如UNIMOD庫(kù)）和特定物種背景

（2）調(diào)整搜索容差：對(duì)質(zhì)量偏移設(shè)置嚴(yán)格（如MS1: ±10 ppm，MS2: ±0.02 Da）

（3）多引擎交叉驗(yàn)證：結(jié)合Mascot、MaxQuant、Byonic等不同搜索引擎，提高識(shí)別準(zhǔn)確度

（4）引入脫靶質(zhì)控：采用反向數(shù)據(jù)庫(kù)或空白樣本，控制FDR（jiǎfā現(xiàn)率）在1%以內(nèi)

4、特殊修飾與同分異構(gòu)體識(shí)別策略

（1）采用ETD/ECD解離：對(duì)磷酸化、糖基化等易失修飾，選用電子轉(zhuǎn)移/俘獲解離（ETD/ECD）技術(shù)，保留修飾信息

（2）結(jié)合保留時(shí)間與異源標(biāo)簽：使用同位素標(biāo)記、異源標(biāo)簽（如TMT/iTRAQ），結(jié)合LC保留時(shí)間區(qū)分異構(gòu)體

（3）gāojí數(shù)據(jù)分析：引入機(jī)器學(xué)習(xí)或AI算法，從多維度（碎片圖譜、同位素分布、保留時(shí)間）提高異構(gòu)體區(qū)分能力

隨著質(zhì)譜技術(shù)、數(shù)據(jù)分析算法及AI技術(shù)的快速發(fā)展，肽測(cè)序的分辨率、靈敏度和準(zhǔn)確度將持續(xù)提升。多酶策略、ETD/ECD技術(shù)、AI算法和高分辨質(zhì)譜的結(jié)合，將使復(fù)雜樣本中的低豐度肽段、罕見修飾和同分異構(gòu)體的識(shí)別更加可靠。百泰派克生物科技依托g(shù)āoduān質(zhì)譜平臺(tái)（包括Orbitrap Fusion、Q-Exactive HF-X）和先進(jìn)的數(shù)據(jù)處理算法，結(jié)合自主開發(fā)的樣品前處理與數(shù)據(jù)分析流程，為客戶提供從樣品制備、酶解優(yōu)化到肽段鑒定和修飾定位的一體化解決方案。我們的服務(wù)團(tuán)隊(duì)深諳肽測(cè)序常見問題及優(yōu)化策略，致力于幫助客戶快速?gòu)膶?shí)驗(yàn)失敗走向數(shù)據(jù)jīngzhǔn，為蛋白組學(xué)研究和藥物開發(fā)提供堅(jiān)實(shí)保障。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上先進(jìn)的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)先進(jìn)，填補(bǔ)技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

從失敗到精準(zhǔn)：肽測(cè)序常見問題與優(yōu)化建議檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹