如果Paul Simon給Richard Lenski長(zhǎng)期進(jìn)化實(shí)驗(yàn)（LTEE）中的細(xì)菌寫首歌，那歌名可以是“這么多年以后仍然在改變。”

    發(fā)表在8月1日《自然》（Nature）雜志上的研究論文中，這位密歇根州立大學(xué)的微生物學(xué)和分子遺傳學(xué)教授與一個(gè)研究小組，利用先進(jìn)的技術(shù)研究了數(shù)萬代的大腸桿菌。他們測(cè)序了大腸桿菌的全基因組，準(zhǔn)確描繪出了一些攜帶有益突變，使得細(xì)菌比它們的祖先具有競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)的基因。

    來自不同代LTEE的這些大腸桿菌已在冷凍箱中保存了近30年，研究人員現(xiàn)在復(fù)蘇它們查看了它們DNA中的改變。能夠重返冷凍箱研究多年前的樣本，是Lenski將LTEE稱作為是“不斷帶來新研究成果的實(shí)驗(yàn)”的原因之一。

    Lenski 說：“開展如此長(zhǎng)期的一項(xiàng)實(shí)驗(yàn)其好處之一就是，會(huì)一路涌現(xiàn)我在1988年啟動(dòng)LTEE時(shí)不存在的一些新技術(shù)。直到1995年才測(cè)序了*細(xì)菌基因組，現(xiàn)在在這篇論文中，我們從這次實(shí)驗(yàn)中測(cè)序了264個(gè)完整的基因組。”

    研究小組對(duì)數(shù)百個(gè)大腸桿菌基因組進(jìn)行測(cè)序，檢測(cè)了經(jīng)歷50,000多代這些細(xì)菌如何改變了它們的DNA。研究人員在LTEE的12個(gè)種群中發(fā)現(xiàn)了14,000多個(gè)改變。每個(gè)種群以不同的方式發(fā)生改變，但也有一些重要的共性。

    zui重要且zui簡(jiǎn)單地就是，這些突變集中于一組基因中——在這些基因中突變賦予了細(xì)菌競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。種群間出現(xiàn)的一個(gè)驚人差異是，一半的種群比另一半以更高的速度突變，即便它們都起源于具有低突變率的同一祖先菌株。

    德克薩斯大學(xué)*分銷分子生物科學(xué)助理教授Jeffrey Barrick 說：“即便是在zui簡(jiǎn)單的微觀世界中我們可以想象研究進(jìn)化——一種細(xì)菌被保存在實(shí)驗(yàn)室中無變化的條件下多年，我們正在了解有關(guān)進(jìn)化速度和過程的一些新東西。這種定量信息對(duì)于人類健康非常重要，它提高了我們預(yù)測(cè)在慢性感染和我們的微生物組中細(xì)菌如何進(jìn)化的能力。”

    近期，涌現(xiàn)了不少值得關(guān)注的基因組研究成果。一個(gè)研究小組成功地對(duì)銅器時(shí)代的大麥基因組進(jìn)行了測(cè)序。這是迄今重建的zui古老的植物基因組。這些6000年前的種子是從以色列Judean沙漠Masada要塞南崖靠近死海的Yaram洞穴獲得的。從遺傳學(xué)來說，大麥非常類似于目前種植在Levant南部的大麥，從而支持目前“大麥馴化發(fā)生在Upper約旦河谷”的假設(shè)。研究結(jié)果以兩篇論文的形式發(fā)表在2016年7月18日的《Nature Genetics》雜志上。

     一個(gè)科學(xué)家小組測(cè)序了來自地理位置分散的一些地區(qū)1000多種擬南芥植物的全基因組和表觀基因組。1,001個(gè)基因組與1,001個(gè)表觀基因組的集合不僅闡明了擬南芥進(jìn)化史的一些新方面，還提供了有關(guān)這一重要模式植物中遺傳與表觀遺傳變異之間互作的一張zui全品種的全面圖像。研究論文發(fā)表在2016年7月14日Cell雜志上。

    來自云南大學(xué)、中科院昆明動(dòng)物研究所、中科院北京基因研究所等10多家研究機(jī)構(gòu)的研究人員，在新研究中對(duì)金絲猴進(jìn)行了基因組分析，鑒別出了與高海拔適應(yīng)相關(guān)的一些基因和過程。他們的研究成果發(fā)布在2016年7月11日的Nature Genetics雜志上。

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