一個合格的質粒含有以下組成部分：

復制起始位點Ori：即控制復制起始的位點。原核生物DNA分子中只有一個復制起始點，而真核生物DNA分子有多個復制起始位點。

抗生素抗性基因：可以便于篩選或檢測，如Amp+ 、Kan+。

多克隆位點MCS：克隆攜帶外源基因片段。

P/E：啟動子/增強子。

Terms：終止信號。

加poly(A)信號：可以起到穩定 mRNA 作用。

 如何閱讀質粒圖譜：

*步：首先看 Ori 的位置，了解質粒的類型（原核/真核/穿梭質粒）。

第二步：再看篩選標記，如抗性，決定使用什么篩選標記。

--Ampr   水解β-內酰胺環，解除氨芐的毒性；

--tetr   可以阻止四環素進入細胞；

--camr   生成氯霉素羥乙酰基衍生物，使之失去毒性；

--neor(kanr)   氨基糖苷磷酸轉移酶 使G418（長那霉素衍生物）失活；

--hygr   使潮霉素β失活。

第三步：看多克隆位點（MCS）。它具有多個限制酶的單一切點，便于外源基因的插入。如果在這些位點外有外源基因的插入，會導致某種標志基因的失活，從而便于篩選。MCS決定了能不能放置目的基因以及如何放置目的基因。

第四步：再看外源DNA插入片段大小。質粒一般只能容納小于10Kb的外源DNA片段。一般來說，外源DNA片段越長，越難插入，越不穩定，轉化效率越低。

第五步：是否含有表達系統元件，即啟動子－核糖體結合位點－克隆位點－轉錄終止信號，這是用來區別克隆載體與表達載體。在克隆載體中加入一些與表達調控有關的元件即成為表達載體。選用哪種載體，要以實驗目的為依據。

啟動子：促進DNA轉錄的DNA序列，這個DNA區域常在基因或操縱子編碼順序的上游，是DNA分子上可以與RNApol特異性結合并使之開始轉錄的部位，但啟動子本身不被轉錄。

增強子/沉默子：增強子為真核基因組（包括真核病毒基因組）中的一種具有增強鄰近基因轉錄過程的調控序列，其作用與增強子所在的位置或方向無關（即在所調控基因上游或下游均可發揮作用）。/沉默子：負增強子，負調控序列。

核糖體結合位點/起始密碼/SD序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA有核糖體的兩個結合位點，對于原核而言是AUG（起始密碼）和 SD序列。

轉錄終止順序（終止子）/翻譯終止密碼子：結構基因的zui后一個外顯子中有一個 AATAAA的保守序列，此位點down-stream有一段GT或T富豐區，這2部分共同構成poly(A）加尾信號。

為什么質粒圖譜上有的箭頭順時針有的箭頭逆時針？那其實是代表兩條DNA鏈，即質粒是環狀雙鏈 DNA，它的啟動子等在其中一條鏈上，而它的抗性基因在另一條鏈上。

如何選擇載體

把目的基因通過基因工程手段送到生物細胞（受體細胞），需要運載工具（交通工具）攜帶外源基因進入受體細胞，這種運載工具就叫做載體（vector）。基因工程所用的vector實際上是用來攜帶目的基因片段進入受體細胞的 DNA。

選擇載體主要依據構建的目的，同時要考慮載體中應有合適的限制酶切位點。如果構建的目的是要表達一個特定的基因，則要選擇合適的表達載體。

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選擇適當的細胞接種濃度。一般情況下，96孔培養板的一內貼壁細胞長滿時約有105個細胞。但由于不同細胞貼壁后面積差異很大，因此，在進行MTT試驗前，要進行預實驗檢測其貼壁率、倍增時間以及不同接種細胞數條件下的生長曲線，確定試驗中每孔的接種細胞數和培養時間，以保證培養終止致細胞過滿。這樣，才能保證MTT結晶形成酌量與細胞數呈的線性關系。否則細胞數太多敏感性降低，太少觀察不到差異。