培養基按其特殊用途可分為基礎培養基、加富培養基、選擇性培養基和鑒別培養基。
（1）基礎培養基。是含有一般微生物生長繁殖所需基本營養物質的培養基。牛肉膏蛋白胨培養基是zui常用的 基礎培養基。
（2）加富培養基。是在基礎培養基中加入血、血清、動植物組織提取液制成的培養基。用于培養要求比較苛刻的某些微生物。
（3）選擇培養基。是在普通培養基中加入特殊營養物質或化學物質，以抑制不需要的微生物的生長，有利于所需微生物的生長。用于將某種或某類微生物從混雜的微生物群體中分離出來。

 培養基
 用途
 原因
 加入青霉素
 分離酵母菌，霉菌等真菌
 青霉素僅作用于細菌，對真菌無作用
 加入高濃度食鹽
 分離金黃色葡萄球菌
 金黃色葡萄球菌細胞壁結構致密，且能分泌血漿凝固酶，分解纖維蛋白原為纖維蛋白，沉積在細胞壁  表面形成很厚的一層不透水的膜，不易失水
 不加氮源
 分離固氮菌
 固氮菌能利用空氣中的氮氣，其他菌類不行
 不加含碳有機物
  分離自養型微生物
 自養型微生物可利用無機碳源，異養型微生物不行
 加入青霉素等抗生素
 分離導入了目的基因的受體細胞
 導入了目的基因的受體細胞中含有標記基因，對特定抗生素有抗性
 入氨基喋呤，次黃嘌呤，胸腺嘧啶核苷酸
分離雜交瘤細胞
在該實驗上一步得到的細胞中，僅有雜交瘤細胞能完成DNA復制，正常進行細胞分裂，其他細胞的DNA復制過程被阻斷無法進行分裂

（4）鑒別 培養基。是在培養基中加入某種試劑或化學藥品，使培養后會發生某種變化，從而區別不同類型的微生物。如鑒別大腸桿菌的伊紅美藍培養基，鑒別纖維素分解菌的剛果紅培養基。
伊紅美藍培養基：用于鑒別大腸桿菌。右圖中是大腸桿菌菌落，菌落表面反光，有金屬光澤。