【基本原理】 
限制性內切酶已有百余種，每種酶有其特定的核苷酸序列識別特異性，酶的活性需Mg+2來激活。不同的酶也有許多差別：有些酶除需Mg 2+外，還需ATP等其他輔助因子的激活；切割位點和識別序列間的距離不同；有的內切酶同時具有甲基化作用。根據這些差別，可將限制性內切酶分為I、II和III種類型。

II型限制性內切酶只需要二價鎂離子的激活，酶在其識別序列內切割雙鏈DNA，產生的各種dna片段具有相同的末端結構，而且大多數的II型酶可提供粘性未端，有利于片段再連接，大部分II型酶所識別的序列具有反向對稱的結構，或稱之回文結構。如 EcoRI和 HindIII的識別和切口分別為： 

EcoRI ： G ↓AATT C HindIII ： A↓AGCT T 
T TCGA↑ A C TTAA↑G 
限制性內切酶對環狀質粒dna產生的酶切片段數與切口數一致。因此，鑒定酶切后的片段在電泳凝膠的區帶數，就可以推斷切口的數目；從片段遷移率可判斷酶切片段大小。用已知分子量的線狀DNA為對照，通過電泳遷移率的比較，可以粗略地測出分子形狀相同的未知DNA的相對分子大小。 
質粒DNA的相對分子量（Mr ）一般在106～107 范圍內，如質粒pBR322的相對分子質量為 2.8×106 ，在細胞內有三種構型：①共價閉環 DNA，常以超螺旋形式存在；②如果兩條鏈中有一條鏈發生一處或多處斷裂，分子就能旋轉而消除鏈的張力，這種松弛型的分子叫作開環DNA；③雙鏈線狀DNA由于兩條鏈的切口在同一部位被切斷，不能成環，*開放成線狀，簡稱線性DNA。如果要測定質粒DNA的相對分子量，把質粒用單一切口的酶水解得到線性DNA片段。三種構型的質粒DNA在電泳時的泳動速度為：共價閉環DNA>線狀DNA >開環DNA。 
本實驗采用限制酶BamHI ，切割pUC18-KanR質粒中插入的分子大小為1200 bp的KanR基因片段。 
【器材】 
1．水浴箱 
2．高壓滅菌鍋 
【試劑】 
1．10×限制酶緩沖液 
2．限制酶BamH I 
3．DNA樣品，重組質粒
【操作步驟】 
1．在Ep管中分別加入以下試劑： 
10×限制酶緩沖液 2μl 
pUC18-KanR 2μl 
ddH2O 15μl 
BamH I 1μl 
2．將上液混勻，37℃保溫，1h。 
3．加入1μl 0.5mol/L EDTA（pH8.0）終止反應。 
4．1% 瓊脂糖凝膠電泳，檢測酶切結果。 

pUC18/pUC19 cloning site圖