實驗原理

閉合環狀質粒、線性質粒和開環質粒DNA由于構形不同，在加溴化乙錠的瓊脂糖凝膠電泳上呈現不同的遷移率，因而在紫外燈下觀察，能區別閉合環狀質粒DNA（cccDNA）、線性質粒DNA（L-DNA）和開環質粒DNA（ocDNA）。

實驗步驟

1.  選擇合適的水平式電泳槽，調節電泳槽平面至水平。檢查穩壓電源與正負極的線路。

2.  選擇孔徑大小合適的點樣梳子，垂直架在電泳膠模的一端，使點樣梳子底部離電泳膠模底部的距離為1.0 mm。

3.  制備0.7%瓊脂糖凝膠，100℃水浴加熱至瓊脂糖融化均勻。

4.  用吸管取少量瓊脂糖凝膠溶液將電泳膠模四周密封好，防止澆灌瓊脂糖凝膠板時發生滲透。待瓊脂糖凝膠冷卻至60℃左右時，加入一滴溴化乙錠，搖勻，輕輕倒入電泳膠模中，瓊脂糖凝膠的厚度在3~5 mm。倒膠時要避免產生氣泡，若有氣泡可用吸管小心吸去。

5.  瓊脂糖凝膠凝固后，在室溫放置20分鐘，小心拔掉點樣梳子和電泳膠模兩端的擋板，保持點樣孔的完好。

6.  將電泳膠模放入電泳槽中，加入電泳緩沖液，使電泳緩沖液面高出瓊脂糖凝膠表面1~2 mm。如點樣孔內有氣泡，用吸管小心吸出，以免影響加樣。

7.  將15mlDNA樣品與1/5體積的溴酚藍指示劑點樣緩沖液混合。上樣緩沖液不僅可以提高樣品的密度，使樣品均勻沉到樣品孔內，還可以使樣品帶顏色，便于上樣和估計電泳時間和判斷電泳的位置。

8.  用微量移液器將樣品小心加入加樣孔內，記錄樣品點樣秩序。

9.  蓋上電泳槽，開啟電源開關，zui高電壓不超過5 V/cm（100~150 V恒壓電泳），使DNA從負極向正極移動。

10.  電泳時間隨實驗的具體要求而異。電泳一般需1~3小時。電泳完畢后關閉電源，戴一次性塑料手套取出凝膠，盡可能將所有的電泳緩沖液淋干，在254 nm 波長的透射紫外燈下觀察。

提示

一、瓊脂糖凝膠電泳

1.  瓊脂糖凝膠的性質

瓊脂糖是從海藻中提取的一種直鏈多糖，它由D-半乳糖和3,6-脫水-L-半乳糖的殘基交替排列組成的線型多聚糖。當瓊脂糖加熱至90～100℃左右，即可形成清亮透明的液體。澆在模板上冷卻至40～45℃時，凝固形成凝膠。瓊脂糖帶有親水性，不含有帶電荷的基團，不引起DNA變性，又不吸附被分離的物質，因此它是一種很好的凝膠劑。瓊脂糖凝膠可區分相差100bp的DNA片段。

2.  DNA分子的遷移率

DNA分子在電泳中的遷移率的因素是多方面的，除了決定于DNA分子大小與構型外，還有瓊脂糖凝膠的濃度、電壓大小、緩沖液pH值和電泳時的溫度等。

二、實驗操作中注意的問題

1.  加熱溶解瓊脂糖時應不斷地搖動容器，使附于壁上的顆粒也*溶解。

2.  溴化乙錠是一種強致癌劑，并有中度毒性，因此必須十分謹慎小心。操作時一定要戴手套，用過的手套要及時將手套順手翻過來，讓污染有溴化乙錠的面朝里。

3.  用254 nm 波長的紫外光進行觀察的效果比366 nm 清晰，但產生的切口DNA量也較高。紫外光對眼睛有害，觀察時應戴上眼鏡或防護面罩。

編輯： 趙棟2012