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454(GS FLX系統(tǒng))超高通量測(cè)序|實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)

來(lái)源:上海拜力生物科技有限公司   2015年06月02日 12:43  

關(guān)鍵詞:454(GS FLX系統(tǒng))超高通量測(cè)序|實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)
簡(jiǎn)介:世界*品牌454(GS FLX系統(tǒng))超高通量測(cè)序|實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)原裝,質(zhì)量保證,*。
454(GS FLX系統(tǒng))超高通量測(cè)序|實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)——pCzn1質(zhì)粒+Arctic Express宿主菌低溫表達(dá)體系。
我們具備豐富的蛋白表達(dá)設(shè)計(jì)經(jīng)驗(yàn)及實(shí)驗(yàn)操作技巧,承諾客戶不成功不收費(fèi)。在獲得重組蛋白產(chǎn)品的同時(shí),我們也會(huì)提供相應(yīng)的原始數(shù)據(jù)和原始圖片,不需要再額外花費(fèi)精力重復(fù)實(shí)驗(yàn)。另一方面,我們所有的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)真實(shí)可信,我們提供原始的表達(dá)菌株和克隆質(zhì)粒,客戶可以依據(jù)我們的實(shí)驗(yàn)報(bào)告重復(fù)我們的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
產(chǎn)品品牌:454(GS FLX系統(tǒng))超高通量測(cè)序|實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)   http://www.。。com/goodsid/fenleiyi/2868603/1.html
實(shí)驗(yàn)描述               
GS FLX系統(tǒng)的工作流程
GS FLX系統(tǒng)的流程概括起來(lái),就是“一個(gè)片段 = 一個(gè)磁珠 = 一條讀長(zhǎng)(One fragment = One bead = One read)”。
1)樣品輸入并片段化:GS FLX系統(tǒng)支持各種不同來(lái)源的樣品,包括基因組DNA、PCR產(chǎn)物、BAC、cDNA、小分子RNA等等。大的樣品例如基因組DNA或者BAC等被打斷成300-800 bp的片段;對(duì)于小分子的非編碼RNA或者PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,這一步則不需要。
2)文庫(kù)制備:借助一系列標(biāo)準(zhǔn)的分子生物學(xué)技術(shù),將A和B接頭(3’和5’端具有特異性)連接到DNA段上。接頭也將用于后續(xù)的純化,擴(kuò)增和測(cè)序步驟。變性處理回收單鏈的DNA(sstDNA),具有A、B接頭的單鏈DNA段組成了樣品文庫(kù)。
3)一個(gè)DNA段=一個(gè)磁珠:?jiǎn)捂淒NA文庫(kù)被固定在特別設(shè)計(jì)的DNA捕獲磁珠上。每一個(gè)磁珠攜帶了一個(gè)*的單鏈DNA段。磁珠結(jié)合的文庫(kù)被擴(kuò)增試劑乳化,形成油包水的混合物,這樣就形成了只包含一個(gè)磁珠和一個(gè)*片段的微反應(yīng)器。
4)乳液PCR擴(kuò)增:每個(gè)*的片段在自己的微反應(yīng)器里進(jìn)行獨(dú)立的擴(kuò)增,而沒(méi)有其他的競(jìng)爭(zhēng)性或者污染性序列的影響。整個(gè)片段文庫(kù)的擴(kuò)增平行進(jìn)行。對(duì)于每一個(gè)片段而言,擴(kuò)增后產(chǎn)生了幾百萬(wàn)個(gè)相同的拷貝。隨后,乳液混合物被打破,擴(kuò)增的片段仍然結(jié)合在磁珠上。
5)一個(gè)磁珠=一條讀長(zhǎng):攜帶DNA的捕獲磁珠隨后放入“Pico TiterPlate”(PTP)板中進(jìn)行后繼的測(cè)序。PTP孔的直徑(29um)只能容納一個(gè)磁珠(20um)。然后將PTP板放置在GS FLX中,測(cè)序開(kāi)始。放置在四個(gè)單獨(dú)的試劑瓶里的四種堿基,依照T、A、C、G的順序依次循環(huán)進(jìn)入PTP板,每次只進(jìn)入一個(gè)堿基。如果發(fā)生堿基配對(duì),就會(huì)釋放一個(gè)焦磷酸。這個(gè)焦磷酸在ATP硫酸化酶和螢光素酶的作用下,經(jīng)過(guò)一個(gè)合成反應(yīng)和一個(gè)化學(xué)發(fā)光反應(yīng),zui終將螢光素氧化成氧化螢光素,同時(shí)釋放出光信號(hào)。此反應(yīng)釋放出的光信號(hào)實(shí)時(shí)被儀器配置的高靈敏度CCD相機(jī)捕獲到。有一個(gè)堿基和測(cè)序模板進(jìn)行配對(duì),就會(huì)捕獲到一分子的光信號(hào);由此一一對(duì)應(yīng),就可以準(zhǔn)確、快速地確定待測(cè)模板的堿基序列。這也就是大名鼎鼎的焦磷酸測(cè)序。
6)數(shù)據(jù)分析:GS FLX系統(tǒng)在10小時(shí)的運(yùn)行當(dāng)中可獲得100多萬(wàn)個(gè)讀長(zhǎng),讀取超過(guò)4-6億個(gè)堿基信息。GS FLX 系統(tǒng)提供兩種不同的生物信息學(xué)工具對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,適用于不同的應(yīng)用:達(dá)400 MB的從頭拼接和任何大小基因組的重測(cè)序。
GS FLX系統(tǒng)的準(zhǔn)確率在99%以上。其主要限制來(lái)自同聚物,也就是相同堿基的連續(xù)摻入,如AAA或GGG。由于沒(méi)有終止元件來(lái)阻止單個(gè)循環(huán)的連續(xù)摻入,同聚物的長(zhǎng)度就需要從信號(hào)強(qiáng)度中推斷出來(lái)。這個(gè)過(guò)程就可能產(chǎn)生誤差。因此,454測(cè)序平臺(tái)的主要錯(cuò)誤類型是插入-缺失,而不是替換。

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