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PCR技術專題:PCR-SSP分析實驗原理和步驟

來源:上海北諾生物科技有限公司   2013年11月25日 15:40  



[實驗原理]

根據決定某等位基因的堿基性質,設計3′端*個堿基分別與各等位基因的特異性堿基相匹配的序列特異性引物,在PCR反應過程中,只有引物3′端*個堿基與決定特定等位基因的堿基互補時才能實現DNA 片段的*復制,根據PCR 產物的有無進行等位基因的分型。

[實驗器材]

PCR 擴增儀、電泳儀、電泳槽。

[實驗試劑]

引物1:5′-GCATCAAGTACCACTGGT-3′;引物2:5′-GCATTAAGTACCACTGAG-3′;共通引物:5′-GAGAAGTTGAGAAAGGGGT-3′。模板DNA、Taq 聚合酶、丙烯酰胺、電極緩沖液、上樣緩沖液等

[實驗方法]

1.PCR擴增PCR反應體系為20μl(2個體系,分別為引物1和引物2),含模板2μl(約50ng),引物各1.5μl,dNTP1.6μl(0.4mM),10×Buffer緩沖液2μl,Taq酶1.0U,加雙蒸水至20.0μl;PCR反應條件為94℃4min,94℃1.5min/52℃2.0min/72℃2.0min,30個循環。

2.PCR 擴增產物的檢測 取PCR擴增產物2μl,6%聚丙烯酰胺凝膠電泳(T=6%,C=3.3%,凝膠規格為82mm×64mm×0.75mm)。電極緩沖液為1×TBE。將加有1/5體積上樣緩沖液的酶切產物電泳,220 v 電壓,電泳2-3h。銀染顯色

[結果判定]

根據電泳譜帶的有無判定等位基因型別,僅有1 個體系檢測到譜帶者為相應特異性引物對應型(M 或N),2 個體系均檢測到譜帶者為MN 型。

[實驗討論]

1.注意事項 ①如引物結合序列存在堿基變異可能無擴增產物,導致錯誤判型;②在對照樣品分型準確的基礎上才能判定結果。

 

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