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RNA實驗技術:核糖核酸酶保護分析

來源:上海北諾生物科技有限公司   2013年10月22日 15:37  
一、體外轉錄
在無菌1.5 ml 微型離心管中,結合以下內容:
4 ul 5倍轉錄緩沖液
2 ul 0.1 M DTT
4 ul 2.5 MM NTP(A,C,G)
0.8 ul RNA酶抑制劑(25 U/ul)RNA酶抑制劑(Promega)中
100 UM冷UTP
1 ul/ug  UL線性DNA模板
5 ul 10 UCI / UL P32 UTP(800Ci/mmol)
1 ul RNA聚合酶SP6,T7或T3
總體積?20 ul。
孵育1小時,37℃。
2 ul 每個轉錄的DNA酶I,孵育20分鐘, 37℃。
 
二、探頭凈化
凈化探頭使用QIAGEN公司的QIAquick核苷酸去除試劑盒或Boehringer離心柱(G50葡聚糖凝膠)。檢查1 ul 在閃爍計數器,P32通道。一個很好的探頭將5×105~1×106 CPM。
 
三、雜交
打開heatblock到95C。對于在水或乙醇中的樣品,干燥適當的RNA量,并包括一個管與1 ul tRNA或糖原(Sigma公司),這是作為陰性對照。
 
每個樣品應具有以下:
24 ul 甲酰胺
2 ul 0.6 M管
2.4 ul 5 M氯化鈉
0.3 ul 0.1 M EDTA
2×105 cpm探針
5×104 cpm加載控制探針
DEPC水
總體積30ul
以及混合樣品。加熱95℃,10分鐘。孵育4小時, 55°C。

四、RNase消化
核糖核酸酶消化緩沖液:
300 MM 醋酸鈉
10 mM 的TRIS
5 mM EDTA
每個樣品添加350 ul 消化緩沖液。
1 ul 4 mg/ml 核糖核酸酶A和0.4 ul 10 u/ul 核糖核酸酶T1。
孵育,30℃,45分鐘至1小時。
 
五、蛋白酶K
向每個樣品中添加20%SDS和2.5 ul 的10 mg/ml 的蛋白酶K孵育,37℃ 10 μl 的15-20分鐘。

六:清理
提取一次400 ul 酚/氯仿/異戊醇(25:24:1)
將上清轉移到新的試管中。加入1000 ul 的100%乙醇和1 μl 為10 mg/ml 的糖原。拌勻。
在-70℃,30分鐘或在干冰/ ETOH浴中10分鐘孵育樣品。
旋轉的離心15分鐘。吸EtOH。讓小球在空氣中晾干。
重懸在8 ul 甲酰胺的裝載染料。允許坐在RT 5-10分鐘,經常攪拌。
 
七:聚丙烯酰胺凝膠電泳分析
熱樣品5分鐘,100℃。加載到5%polyacrylamide/7 M尿素變性凝膠2000 cpm 的分子量標記物。運行凝膠38-42mA。干凝膠,暴露于膜O / N在-70C增感屏。

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