實時熒光PCR定量包括探針類和非探針類兩種，探針類是利用與靶序列特異雜交的探針來指示擴增產物的增加，非探針類則是不利用雜交原理，而利用其他的一些理化特征指示擴增產物的增加。前者由于增加了探針的識別步驟，特異性更高，但后者則簡便易行。

1.TaqMan 探針

TaqMan 探針是一種寡核苷酸探針，熒光基團連接在探針的5’末端， 而淬滅劑則在3’末端。當探針與靶序列配對時，熒光基團發射的熒光因與3’端的淬滅劑接近而被淬滅。在進行延伸反應時，聚合酶的5’外切酶活性將探針切斷， 使得熒光基團與淬滅劑分離，發射熒光。一分子的產物生成就伴隨著一分子的熒光信號的產生。隨著擴增循環數的增加，釋放出來的熒光基團不斷積累。因此Taqman探針檢測的是積累熒光。常用的熒光基團是FAM，TET，VIC，HEX。

2.分子信標（molecular beacon）

分子信標是一種呈發夾結構的莖環雙標記寡核苷酸探針，兩端的核酸序列互補配對，因此標記在一端的熒光基團與標記在另一端的淬滅基團緊緊靠近。熒光基團被激發后產生的光子被淬滅劑淬滅，由熒光基團產生的能量以紅外而不是可見光形式釋放出來。

分子信標的莖環結構中，環一般為15-30 個核苷酸長，并與目標序列互補;莖一般5-7 個核苷酸長，并相互配對形成莖的結構。熒光基團標記在探針的一端，而淬滅劑則標記在另一端。在復性溫度下，因為模板不存在時形成莖環結構，當加熱變性會互補配對的莖環雙鏈解開，如果有模板存在環序列將與模板配對。與模板配對后，分子信標將成鏈狀而非發夾狀，使得熒光基團與淬滅劑分開。當熒光基團被激發時，因淬滅作用被解除，發出激發光子。由于是酶切作用的存在，分子信標也是積累熒光。常用的熒光基團：FAM ，Texas Red 。

3.SYBR Green I

SYBR Green I 是一種能與雙鏈DNA 結合發光的熒光染料。其與雙鏈DNA結合后， 熒光大大增強。因此， SYBR Green I的熒光信號強度與雙鏈DNA的數量相關，可以根據熒光信號檢測出PCR體系存在的雙鏈DNA數量。SYBR Green I 的zui大吸收波長約為497nm，發射波長zui大約為520nm。

SYBR Green I 的缺點：由于SYBR Green I沒有特異性，不能識別特定的雙鏈，只要是雙鏈就會結合發光，對PCR反應中的非特異性擴增或引物二聚體也會產生熒光。所以在臨床上使用可能會有假陽性發生。

SYBR Green I的優點：SYBR Green I的優點是因為其缺點產生，由于它能所有的雙鏈DNA相結合，所以對不同模板不需特別定制，通用性好，并且價格相對較低。這對科研是很有利的，因此國內外在科研中使用比較普遍。

4. 熒光諧振能量傳遞（FRET）

FRET探針是羅氏的發明，又稱雙雜交探針，FRET探針由兩條相鄰探針組成，在一條探針的5`端標記FAM熒光基團，另一探針的3`端標記Red 640熒光基團。當復性時，探針結合在模板上，FAM基團和Red640基團相鄰，激發FAM產生的熒光，作為Red640基團的激發光被吸收，使Red640發出波長為640的熒光。當變性時，探針游離，兩基團距離遠，不能產生640波長的熒光。由于FRET探針是靠近發光，所以檢測信號是實時信號，非累積信號。常用的熒光基團是：LC-Red640，LC-Red705。

5.LUX Primers

LUX （light upon extention） 引物是利用熒光標記的引物實現定量的一項新技術。目的使用類分子信標的發夾結構設計引物，使引物同時起到熒光探針的作。引物對中的一個引物3’端用熒光報告基團標記。在沒有單鏈模板的情況下，該引物自身配對，形成發夾結構，使熒光淬滅。在模板存在的情況下，引物與模板配對，發夾結構打開，產生熒光信號。使用LUX引物，不需要專門設計探針，即省了成本又給實驗設計提供了寬松的條件。由于沒有探針控制特異性，因此他的特異性要弱于探針技術，但非特異性擴增或引物二聚體沒有影響，所以其特異性要強于SYBR　GREEN。

圖.LUX 引物工作原理

能用于實時熒光PCR定量的方法很多，各有特點。

這里僅列舉了熒光定量PCR定量的四種方法的原理，各自的特點。希望對大家有用。