一、青海發光桿菌外觀直接觀察鑒定
外觀菌種，菌絲濃白、粗壯、富有彈性，則生命力強；如果菌種菌絲萎縮，干燥無色澤，或菌絲體自溶產生了多量紅褐色液體，則生活力已變弱，不宜再用；木塊菌種如仍保持硬實，則屬于生活力強的菌種，如若木塊變得軟化松散，則已老化，不宜使用。
二、培養觀察鑒定
對于分離、選育和引進的菌種，通過培養，觀察菌絲體對干、濕度和溫度等方面的適應特性。如將菌絲體置于偏干、偏濕和干濕相宜的條件下培養，若菌絲在前兩種條件下能良好生長，而在干濕相宜的條件下生長*，則說明是好菌種。
三、液體培養鑒定
配制2％糖水溶液，經常規滅菌消毒，挑取黃豆粒大的菌塊，放入100毫升上述溶液中，置于25—28℃溫度下培養3—7天后，若液面出現氣泡，產生“油皮”，發生渾濁現象，青海發光桿菌說明菌種本身有雜菌；如果苗塊下沉，或遲遲才長出很薄的菌絲層，則說明菌種生活力弱；如若液面四周的菌絲生長快，且濃白呈棉絮狀，則表明菌種生命力強。
四、鋸木屑瓶栽鑒定和周期產量鑒定
瓶栽鑒定的做法與培育栽培的方法相似，把鋸木屑培養料裝得松一些，適當加大濕度，把需要鑒定的菌種接種于培養基中，做好記錄，在26℃恒溫下培養15天。然后使溫度降至15—20℃，并給予較好的散射光條件，再培育半個月左右，在瓶壁和料面上就會出現子實體原基和少量子實體。若未發現雜菌和異常現象，再把菌種接在木段上，做周期產量鑒定。如果子實體生長旺盛，高產，青海發光桿菌具備優良品種特性，并且沒有雜菌混生，說明菌種可靠，可以保存并投入大面積。