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在dànbáizhì組學中,質譜(MS)是核心分析技術,而其分析結果高度依賴于樣品的質量。無論是全蛋白組分析、修飾組學、還是靶向蛋白定量,都必須以高質量的樣品制備為前提。本文將系統解析dànbáizhì測序的樣品制備流程,涵蓋不同樣本類型的預處理策略、蛋白提取、酶解、純化與質控標準,并介紹百泰派克生物科技在這一環節的解決方案。
一、dànbáizhì測序前的樣品類型與挑戰
1、常見樣品來源
(1)組織樣本:如肝、腦、腫瘤組織等,常用于臨床研究或動物模型實驗
(2)細胞樣本:培養細胞或初代細胞,便于實驗控制
(3)體液樣本:血清、血漿、尿液、腦脊液,適合生物標志物篩選
(4)微量樣本:如外泌體、單細胞,挑戰在于總蛋白含量低
二、標準dànbáizhì測序樣品制備流程
2、樣品制備的挑戰
(1)蛋白濃度差異大、動態范圍寬
(2)脂質、DNA、鹽離子等干擾物影響酶解與上機效率
(3)蛋白變性、聚集或降解導致數據偏差
1、細胞/組織裂解
樣本裂解是釋放總蛋白的dìyī步,需同時考慮裂解效率與蛋白穩定性。常用緩沖液包括:
(1)RIPA緩沖液:適合多數細胞裂解,兼容磷酸化蛋白分析
(2)尿素/硫脲裂解液:適合組織樣本,強力變性,便于溶解膜蛋白
(3)SDS緩沖液:用于SDS-PAGE分析或Filter-Aided Sample Prep(FASP)
建議:加入蛋白酶抑制劑和磷酸酶抑制劑,防止降解和修飾丟失。
2、蛋白定量與質量控制準確定量是標準化處理的基礎,常用方法包括:
(1)BCA法(推薦):抗干擾能力強,適合大多數裂解液
(2)Bradford法:操作簡單,但對某些緩沖液敏感
(3)SDS-PAGE預檢:檢測蛋白完整性、降解情況
3、蛋白還原與烷基化
確保dànbáizhì充分展開并暴露肽鍵,利于后續酶切。
(1)還原劑:DTT或TCEP,破壞二硫鍵
(2)烷基化劑:IAA或CAA,阻止二硫鍵重建
(3)在37°C下反應30–60分鐘效果較佳
4、酶切(yídànbáiméi消化)
yídànbáiméi是質譜前酶解的金標準,按1:50–1:100(酶:底物)的比例消化,常于37°C過夜反應。
(1)可輔以Lys-C、Glu-C等酶提升覆蓋率
(2)酶切前建議脫鹽或稀釋,避免高濃度尿素抑制酶活
5、脫鹽與純化
酶切后,樣品中仍含鹽、雜質、yíméi殘留,需清除干擾以提升質譜靈敏度。
(1)C18固相萃取柱(SPE):保留肽段,去除小分子雜質
(2)StageTips方法:微量樣本理想選擇
(3)脫鹽標準:樣品導電度應降至<1 μS/cm
不同應用對樣品制備的特殊要求:
6、上樣前質控
準備上機前必須評估樣品質量:
百泰派克生物科技dànbáizhì測序服務
在百泰派克生物科技,我們建立了標準化、可追溯、MS兼容的樣品制備流程,涵蓋從樣本裂解到酶解、脫鹽、質控的每一步:
支持多種樣本類型(組織、細胞、體液、外泌體等)
引入自動化處理平臺,實現高通量無批次效應
提供上機前肽段質控報告,確保數據質量
技術團隊可根據實驗目的(如磷酸化、修飾組、標記定量)定制專屬方案
無論是科研探索還是臨床項目,我們都能以zhuānyè、高效的樣品處理能力,助力您的dànbáizhì組學研究從源頭把控數據質量。dànbáizhì測序的每一步都建立在樣品質量的基礎之上。只有在制備環節做到標準化、可控、質譜兼容,才能確保下游數據真實可靠。百泰派克生物科技愿為您提供zhuānyè的樣品處理支持,讓您的蛋白組學研究邁出穩健dìyī步。
百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析,提供基于質譜的蛋白測序分析服務,包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,Cduāncèxù和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務,對蛋白序列進行分析。
※服務優勢:
1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;
2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;
3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;
4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;
5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;
6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務,助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。
※服務優勢:
1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析,發現新的生物標記物;
2.體內體外多種dànbáizhì標記方法,適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;
3.質譜分析靈敏度高,實驗結果重復度高;
4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;
5.zhuānyè生物信息學分析,分析更系統準確。
百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析,采用金屬元素標記物(通常是金屬元素標記的特異抗體)標記細胞表面和內部的分子,然后用流式細胞原理分離單個細胞,再用電感耦合等離子體質譜(ICP-MS)分析單個細胞的原子質量譜,zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。
※服務優勢:
1.技術優良,*技術空白
采用金屬標記抗體技術,避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。
2.分析數量大,成本較低
單細胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右,而流式質譜技術一次(單樣本)就可分析至少10^5的細胞,實現了數量級的提高,且成本不高于單細胞RNAseq。
3.應用前景大
①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景;
②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外,質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾;
③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。
百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析,可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標。
百泰派克基于高分辨率質譜技術,MALDI TOF,高效色譜分離技術,提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析,到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務,幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。
北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則,通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證,建立了完備的質量體系,數據冷熱/異地備份,設備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術服務,支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。
1.公司采用ISO9001質量控制體系,zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務;
2.獲國家CNAS實驗室認可,為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務;
3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等;
4.七大質量控制檢測平臺,滿足您一站式服務需求;
5.服務3000+企業,10000+客戶的選擇;
6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!
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