蛋白分子量測定結果會受到多種因素的影響，包括實驗方法本身的局限性、儀器設備的精度、樣品的性質和處理過程等。以下是一些主要的影響因素：
-實驗方法
-凝膠電泳法：凝膠濃度和交聯度會影響分子篩效應，進而影響蛋白質的遷移率和分子量測定的準確性。此外，SDS-PAGE中SDS與蛋白質的結合比例、緩沖液的pH值和離子強度等也會影響蛋白質的遷移，若這些條件控制不當，可能導致分子量測定偏差。
-凝膠過濾法：凝膠的孔徑分布和柱床體積的均勻性對結果有重要影響。如果凝膠孔徑不均勻，會導致蛋白質分子在凝膠顆粒中的擴散行為異常，影響其洗脫體積，從而使分子量測定不準確。同時，樣品的上樣量和洗脫流速也需要嚴格控制，上樣量過大或洗脫流速過快會使蛋白質分子之間的分離效果變差，影響分子量的準確測定。
-質譜法：基質的選擇和質量分析器的精度是關鍵因素。不同的基質對不同類型蛋白質的離子化效率不同，如果基質選擇不當，可能導致某些蛋白質離子化不全，從而無法準確測定其分子量。質量分析器的分辨率和精度決定了能夠準確測量的質量范圍和質量精度，低分辨率的質量分析器可能無法區分分子量相近的蛋白質，導致測定結果不準確。
-儀器設備
-精度和校準：蛋白分子量的精度直接影響測量結果的準確性。例如，電子天平的精度不足可能導致樣品稱量不準確，從而影響蛋白質濃度的計算和分子量的測定。此外，儀器的校準是否準確也至關重要。如分光光度計需要定期校準波長準確性和吸光度準確性，若校準不準確，會導致蛋白質濃度測定錯誤，進而影響分子量測定結果。
-儀器的穩定性：儀器的穩定性對長時間的測量過程尤為重要。例如，在凝膠電泳過程中，如果電源電壓不穩定，會導致電場強度發生變化，從而影響蛋白質的遷移率，使分子量測定結果出現偏差。同樣，在質譜分析中，儀器的離子源穩定性、質量分析器的穩定性等都會影響質譜圖的質量和重復性，進而影響分子量測定的準確性。
-樣品因素
-純度：樣品中的雜質會干擾蛋白質的遷移或離子化過程。例如，樣品中含有核酸、多糖等雜質，可能與蛋白質結合形成復合物，改變蛋白質的分子量或電荷性質，從而影響其在凝膠電泳或質譜中的行為，導致分子量測定錯誤。
-構象：蛋白質的三維構象會影響其在凝膠過濾或凝膠電泳中的遷移行為。例如，一些蛋白質在溶液中可能形成多聚體或具有特殊的折疊結構，這些結構會影響其在凝膠中的有效尺寸，使其遷移率與根據一級結構計算出的分子量不相符。
-降解和修飾：蛋白質在樣品制備或儲存過程中可能發生降解或修飾。例如，蛋白酶的作用可能導致蛋白質降解成較小的片段，使測定的分子量偏小。而磷酸化、糖基化等修飾則可能增加蛋白質的分子量，并且修飾程度的不同也會導致分子量測定結果的差異。
為了獲得準確的蛋白分子量測定結果，需要選擇合適的實驗方法，確保儀器設備的精度和穩定性，以及對樣品進行妥善的處理和保存。同時，還需要進行必要的對照實驗和質量控制，以減少各種因素對測定結果的影響。
