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獻給初學者,基因功能研究時,如何在細胞內過表達基因?

2017-9-7  閱讀(1477)

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進行基因功能研究時如能包含信號通路無疑會提升故事的深度和完整性。研究信號通路很重要的一個手段是過表達基因,觀察表型變化。今天就向大家介紹一個過表達基因的技術——過表達載體的構建。下面就從目的基因調取、引物設計、過表達質粒構建詳細說明。

 

以人pyrin基因、pWPI-eGFP過表達質粒為例,構建慢病毒過表達載體pWPI-eGFP-pyrin

一、pyrin基因序列的調取

進入NCBI數據庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov),

 

 

選擇pyrin種屬來源,如人

 

 

選擇基因亞型,需查閱文獻(根據實驗需求,并查閱文獻發現pyrin亞型1與研究目的一致)

 

 

點擊NM 000243.2,查找到基因pyrin的CDS區,

 

二、克隆方法的選擇

粘性末端克隆法

該方法需要在目的基因pyrin引物的5端加上酶切位點,方法如下:

 

1. 酶切位點選擇

 

 

1)pWPI-eGFP質粒中帶有啟動子EF-1α(與CMV啟動子類似),雙酶切可選擇SwaⅠ與PmeⅠ或PacⅠ與PmeⅠ。注意不要選SwaⅠ與PacⅠ,因為雙酶切時兩個酶切位點的距離應相差在9bp以上。在這里,我們選用PacⅠ與PmeⅠ雙酶切距離說明。

2)雙酶切時,需要在酶切位點前面加上保護堿基,以保證*的酶切效率。選取酶切效率zui高的保護堿基。

 

 

2. pyrin基因的引物設計

 

以PacⅠ與PmeⅠ雙酶切為例,pyrin基因的上下游引物為

 

3. 設計好引物后,PCR擴增pyrin基因,跑膠回收PCR產物,PacⅠ與PmeⅠ雙酶切pWPI質粒和pyrin基因,回收酶切產物,連接轉化即可。

4. 挑取單克隆,驗證,獲得陽性克隆。

 

粘性末端克隆獲得的重組質粒可用于瞬轉,研究基因功能。但是,要長時間穩定過表達基因,就需要慢病毒包裝,此時pWPI-eGFP中的cPPT/CTS需要保留,那么PmeⅠ就不適合進行酶切載體。此時就需要另外一種克隆方法——一步法克隆。

一步法克隆法

該方法需要在pyrin基因引物的5端添加與pWPI載體末端相同的重疊序列,具體做法如下:

 

1. 酶切位點的選擇

根據慢病毒包裝的要求,pyrin基因需要插入在cPPT/CTS位點前面,此時載體的線性化可以通過SwaⅠ或PacⅠ單酶切實現。

 

2. pyrin基因的引物設計

1)重疊序列大小為15-20bp,酶切位點不計算在內;2)以PacⅠ單酶切為例,pyrin基因的上下游引物為:

 

3. 設計好引物后,PCR擴增pyrin基因,膠回收產物與載體酶切回收產物發生重組反應。

4 挑取單克隆,驗證,獲得陽性克隆。

三、質粒構建成功后,轉染細胞,觀察是否表達。若進行穩轉,后續還需使用該重組質粒包裝慢病毒。

四、注意事項

1、可通過GFP蛋白的表達情況,觀察轉染效率。若轉染效率較低,可通過抗生素篩選,提高整合基因到基因組的細胞的純度。因pWPI-eGFP質粒不帶有哺乳動物細胞藥物篩選基因,因此可以通過流式細胞術篩選,獲得帶有GFP陽性的細胞,使整合基因到基因組的細胞純度提高。

2、還可以通過有限稀釋法獲得單個陽性克隆的細胞,避免在細胞傳代過程中,由于細胞不斷分裂,過表達的效果不斷減弱造成的表型不明顯現象的發生。

3、本案例較為特殊,對于其他過表達載體構建或慢病毒包裝而言,一步法克隆方法與粘性末端克隆方法或許均可使用。

HB170904

 

 

 

 

 

 

 

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