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Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®
——專注珍貴樣本建庫
1、研發背景
常規建庫方法不適用于珍貴樣本
常規DNA建庫方法步驟繁多，損失量大，常要求DNA起始量至少在幾百納克至幾微克。然而，很多珍貴樣本，如來源的臨床樣本（人血cfDNA/ctDNA等）、考古樣本、石蠟包埋樣本（FFPE）、冰凍組織穿刺樣本等，往往都只能獲得100ng以下的DNA，而且常常是高度片段化的，并帶有多種化學修飾的質量偏低的DNA。將常規建庫試劑盒應用于該類樣本的建庫，往往獲得的文庫產量低，質量差，且原始信息丟失嚴重。測序數據中的低頻信號將*淹沒在背景噪聲中，無法獲得有效的可供分析的信息。更重要的是，珍貴樣本建庫一旦失敗，將會為您的項目帶來重大的損失。
珍貴樣本要選擇更好的建庫試劑
要從珍貴樣本中獲得有效數量的DNA很不容易，樣本量不足是制約其有效建庫的重要瓶頸之一。翊圣生物高通量測序領域的科研人員，結合豐富的NGS建庫試劑研發經驗與測序經驗，探討并設計了專注珍貴樣本建庫的微量DNA文庫構建試劑盒：Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®。該款試劑盒主要通過采用高質量的組分構成、優化酶學反應條件、改良緩沖體系、簡化DNA-片段篩選方法等技術手段，提高文庫轉化效率、文庫產量及質量，突破了微量或珍貴樣本進行常規DNA建庫風險高、成功率低的瓶頸，實現了、穩定的微量DNA建庫與測序。Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®zui低可將50pg的DNA制備成適用于Illumina®平臺的文庫，其優異的性能已在微量珍貴樣本中得到有效驗證，具有文庫產量高、質量好，測序覆蓋度高、準確性好、偏好性極低等優勢，有助于更好的推動NGS技術在臨床及基礎研究領域的應用。
• 50pg DNA建庫
• 適用于cfDNA、FFPE等珍貴樣本建庫
• 3小時內建庫
• 的文庫轉化率
• 的測序數據
2、產品描述
Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®是針對Illumina®高通量測序平臺專業開發設計的微量DNA樣本建庫試劑盒。本試劑盒可將50pg-250ng的微量片段化DNA制備成適用于Illumina®測序平臺的文庫，適用于血液或血漿樣本中cfDNA，FFPE樣本中DNA以及其他珍貴樣本的建庫。Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®使用精心優化的配方體系，提供分步的、線性化的操作方案，具有文庫產量高、偏好性低、更易實現自動化等優點。
Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®在翊圣已實現規模化生產，試劑盒中提供的所有試劑組分，都經過嚴格的質量與功能可靠性驗證，zui大程度上保障產品優異性能與批次穩定性。
3、產品應用：
將50pg-250ng片段化DNA制備成適用于Illumina®測序平臺的文庫。
4、產品特點
1）3小時內建庫
Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®兼顧*酶反應條件和zui短的反應時間，大幅度縮短DNA建庫時間至3小時以內，耗時與其他公司快速建庫試劑盒相當，但顯著提高DNA建庫效率。 
圖1 Hieff NGSTM Nano DNA library prep kit for Illumina®的建庫效率高。
2）高效的文庫轉化率
文庫轉化率即DNA-片段轉化為雙端帶特定接頭DNA-片段的效率，是衡量一款建庫試劑盒的關鍵指標。
的文庫轉化率意味著可以用更低的循環數得到足夠上機測序的文庫總量，同時降低文庫構建過程中所引入的序列偏好性。
圖2 Hieff NGSTM Nano DNA library prep kit for Illumina®的文庫轉化率達到*水平。
樣本：片段化E.coli gDNA。接頭比例：按各款試劑盒中推薦的數值。測定方法：連接完整接頭后，qPCR文庫定量。
3）文庫擴增循環數低
在獲得相同產量文庫時，使用的PCR循環數越少，表示試劑盒的建庫效率越高。
表1 Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®的文庫擴增循環數低，達到*水平。
樣本：片段化E.coli gDNA。接頭比例：按各款試劑盒中推薦的數值。
Input DNA (ng) | Number of cycles required to generate | |||||
100ng | 1000ng | |||||
Yeasen Nano | 品牌K*Hyper | 品牌N*Ultra II | Yeasen Nano | 品牌K*Hyper | 品牌N*Ultra II | |
0.05 | 15 | -- | -- | -- | -- | -- |
0.1 | 14-16 | -- | -- | 17-18 | -- | -- |
0.5 | 11-12 | -- | 10-11 | 15-16 | -- | 14-15 |
1 | 10-11 | 13-15 | 9-10 | 14-15 | 17-19 | 12-13 |
10 | 7-8 | 7-9 | 6-7 | 11-12 | 11-13 | 9-10 |
50 | 3-4 | 3-5 | 3-4 | 7-8 | 7-8 | 6-7 |
100 | 2-3 | 2-3 | 2-3 | 6-7 | 6-7 | 7-8 |
4）的文庫質量
使用Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®對100pg和100ng E.coli gDNA建庫，所得經分選和未經分選的文庫均為單一條帶，正態分布，無雜峰，片段大小符合測序要求。
圖3 Hieff NGSTM Nano DNA library prep kit for Illumina®獲得文庫。
建庫樣本：片段化E. coli gDNA。分選在文庫擴增后進行。
5）的測序質量
測序數據是反映建庫試劑盒性能的zui重要指標。
使用Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®和同類型產品用于大腸桿菌基因組DNA文庫構建，并使用Illumina Hiseq 4000平臺，以PE150模式進行測序。結果顯示，Yeasen Nano在Q30、堿基質量、Mapped到的Reads比例、Coverage等方面與品牌N*Ultra II相當，并超越了品牌K*Hyper產品。
表2 大腸桿菌K12菌株基因組DNA測序數據統計。
Input DNA: 1ng. Illumina Hiseq 4000, PE 150, reference genome: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655.
Product | Clean Reads | Clean Base (G) | Q30 (%) | Mapped Reads (%) | Coverage (%) | Average Depth (X) |
Yeasen | 6,909,374 | 1.149 | 91.55 | 91.92 | 95.52 | 179.61 |
K*Hyper | 6,864,846 | 1.045 | 91.40 | 90.40 | 94.83 | 175.54 |
N*Ultra II | 6,970,936 | 1.169 | 92.86 | 92.25 | 96.21 | 182.34 |
圖4 Yeasen樣品測序數據Fastqc報告（左：序列質量分布；右：堿基分布）。
6）性價比
Yeasen致力于為您提供的產品！！
圖5 Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®性價比更高。
5、文獻引用
[1]Lan J H, Yin Y, Reed E F, et al. Impact of three Illumina library construction methods on GC bias and HLA genotype calling[J]. Human immunology, 2015, 76(2): 166-175.
[2]Thorner A R, Ziaugra L, Ducar M D, et al. Optimization of library construction for massively parallel sequencing using low-input, FFPE-derived DNA without additional PCR amplification[J]. 2016.
[3]Lakha W, Paneeva I, Squazzo S, et al. DNA fragmentation and quality control analysis using Diagenode shearing systems and Fragment Analyzer[J]. Nature Methods, 2016, 13(10).
[4] Wolf K, O'Neil D, Schroeer S, et al. Next‐Generation Sequencing Library Preparation from FFPE Tissue Samples[J]. Current Protocols in Molecular Biology, 2016: 7.24. 1-7.24. 14.
[5]Apone L, Liu P, Panchapakesa V, et al. Enhancing clinical utility of NGS with reduced bias, low DNA input, library construction[J]. 2016.
[6]Fang N, Löffert D, Akinci‐Tolun R, et al. Construction of a Sequencing Library from Circulating Cell‐Free DNA[J]. Current Protocols in Molecular Biology, 2016: 7.25. 1-7.25. 13.
[7]Nascimento F S, Wei-Pridgeon Y, Arrowood M J, et al. Evaluation of library preparation methods for Illumina next generation sequencing of small amounts of DNA from foodborne parasites[J]. Journal of Microbiological Methods, 2016, 130: 23-26.
6、常見問題
Q: 該款試劑盒適用于哪些樣本的建庫？
A：本試劑盒適用于所有樣本的DNA建庫，尤其適合珍貴樣本DNA建庫，如cfDNA，FFPE樣本。
Q: 在使用該款試劑盒時，不同類型的樣本的Input DNA量應為多少？
A：Input DNA特指投入末端修復/A尾添加步驟中的DNA。下表列舉了常見應用中推薦的Input DNA量。
表1 常見應用中推薦Input DNA量
應用 | 樣本類型 | 推薦Input DNA量 |
全基因組測序 | 復雜基因組 | 50ng-1μg |
靶向捕獲測序 | 復雜基因組 | 10ng-1μg |
全基因組測序，靶向捕獲測序 | FFPE DNA | ≥50ng |
全基因組測序，靶向捕獲測序 | cfDNA/ctDNA | ≥50pg |
全基因組測序 | 微生物基因組 | ≥50pg |
全基因組測序PCR-free測序 | 高質量DNA | ≥100ng |
免疫共沉淀測序 | ChIP-DNA | ≥50pg |
靶向測序 | 擴增子 | ≥1ng |
【注】：上表為使用高質量DNA時推薦的Input DNA量，當Input DNA質量較差或需要進行片段分選時，應適當上調使用量。
Q: 文庫制備過程中，是否需要片段長度分選？
A：文庫制備過程中需要進行片段長度分選。分選步驟可選擇在末端修復/A尾添加之前，或在接頭連接之后，或在文庫擴增之后進行。
Q: 使用該款試劑盒所得的文庫是否可以用于Ion Torrent平臺？
A：本款試劑盒針對Illumina®平臺開發，所得文庫僅適用于Illumina®平臺。
Q: 產品的有效期與保存方法？
A：產品所有組分-20°C保存，有效期1年。
Q: 純化和分選步驟，可以使用哪些磁珠？
A：純化和分選步驟，建議使用Hieff NGSTM DNA Selection Beads（Cat#12601）或AMPure XP Beads（Cat#A63880）或其他等效產品。
7、訂購信息
產品 | 貨號 | 規格 | 價格（元） |
Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina® | 12202ES08 | 8 libraries | 2456.00 |
12201ES24 | 24 libraries | 6486.00 | |
12201ES96 | 96 libraries | 23567.00 |
8、相關產品推薦
測序文庫制備，您還可能用到
建庫試劑盒 | 產品編號 | 規格 | 價格（元） |
Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina® | 12201ES08 | 8libraries | 1726.00 |
12201ES24 | 24libraries | 4626.00 | |
12201ES96 | 96libraries | 16626.00 | |
| |||
建庫模塊 | 產品編號 | 規格 | 價格（元） |
Hieff NGSTM DNA Selection Beads（Superior Ampure XP alternative） | 12601ES03 | 1mL | 296.00 |
12601ES08 | 5mL | 986.00 | |
12601ES56 | 60mL | 6286.00 | |
12601ES75 | 450mL | 26186.00 | |
Hieff NGSTM End Repair Module | 12605ES20 | 20T | 1466.00 |
Hieff NGSTM dA-Tailing Module | 12606ES20 | 20T | 1766.00 |
Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Ligation Module | 12607ES24 | 24T | 3266.00 |
12607ES96 | 96T | 10866.00 | |
Hieff NGSTM Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module | 12608ES24 | 24T | 2066.00 |
12608ES96 | 96T | 6166.00 | |
Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Fragmentation Reagent | 12609ES50T | 50T | 1466.00 |
Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 1 | 12611ES24 | 24T | 1166.00 |
12611ES96 | 96T | 4366.00 | |
Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 2 | 12612ES24 | 24T | 1166.00 |
12612ES96 | 96 T | 4366.00 | |
Hieff NGSTM Dual-Indexed Adapter Kit for Illumina® | 12614ES96 | 96T | 6566.00 |
Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1 | 12615ES04 | 12×4T | 1256.00 |
12615ES16 | 12×16T | 4536.00 | |
Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 2 | 12616ES04 | 12×4T | 1256.00 |
12616ES16 | 12×16T | 4536.00 | |
2×Super CanaceTM High-Fidelity Mix for Library Amplification | 12620ES03 | 1mL | 526.00 |
12620ES08 | 5×1mL | 1426.00 | |
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文庫定量 | 產品編號 | 規格 | 價格（元） |
Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix | 12302ES05 | 500T | 1526.00 |
Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard (1-6) | 12307ES09 | 6×96μL | 2126.00 |
Picogreen dsDNA Quantitation Reagent 雙鏈DNA（dsDNA）定量試劑 | 10224ES01 | 100µL | 518.00 |
10224ES02 | 5×100µL | 2118.00 | |
10224ES03 | 10×100µL | 3848.00 | |
10224ES04 | 1×1mL | 3768.00 | |
Picogreen dsDNA Assay Kit 雙鏈DNA（dsDNA）定量檢測試劑盒 | 10225ES84 | 2000T | 4238.00 |
