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Yeasen MaxUp ——DNA建庫

2017-6-16  閱讀(379)

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Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®

——DNA穩定建庫

 

1、研發背景

穩定的建庫產品,您用對了嗎?

DNA文庫制備是高通量測序前期的核心環節,文庫的產量與質量直接決定了測序數據的產量與質量。但目前市面上多數試劑盒的建庫方法,耗時、昂貴且操作非常繁瑣的。這些方法在性能方面存在一定的缺陷:如僅適用于DNA量充足且品質較好的樣本Input DNA-片段化不*、常出現形成G尾、聚合物等副反應或測序文庫表現出一定的偏好性等這些情況顯著降低了DNA文庫的轉化率,并且極大影響后續測序數據覆蓋度準確度。

Yeasen MaxUp,您的高通量測序建庫的!

翊圣生物根據現狀,集中海內外高通量測序領域的科研人員,歷時數年,開發了Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®常規DNA建庫試劑盒,從產品設計,產品原料選用,產品性能優化,產品性能驗證,產品標準制定,到產品成型,產品規模化生產,每一步都在嚴苛的標準、精細的研究中,實現產品質的飛躍。

Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®在文庫產量與質量方面表現DNA的文庫構建步驟少、轉化率高,相對進口同款品牌至少高出20%,使文庫擴增循環數更低,顯著降低了測序數據的冗余度和偏好性在建庫速度、簡便性、性價比以及樣本適用性方面,達到*品質。

2、產品描述

Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®是針對Illumina®高通量測序平臺專業開發設計的建庫試劑盒。本試劑盒可將低至1ng的微量片段化DNA制備成適用于Illumina®測序平臺的文庫。該試劑盒精心優化的配方體系,使他廣泛適用于各種DNA樣本試劑盒整合了多個酶反應步驟,提供簡并、線性化的操作方案,顯著提高DNA建庫效率

Hieff NGSTM產品具有嚴格的生產工藝,保證提供的每批次產品都經過嚴格的質量控制和功能驗證,zui高程度保障產品優異性能與批間穩定性。

1)2.75小時建庫

Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®提供簡并的、線性化的操作方案,將DNA建庫時間縮短至2.75小時以內。

     

圖1 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®相對進口品牌N*Ultra同類型產品,建庫更快。

2)文庫轉化率高

文庫轉化率即DNA-片段轉化為雙端帶特定接頭DNA-片段的效率是衡量建庫試劑盒效率的重要指標文庫轉化率強烈影響文庫的多樣性和質量,文庫轉化率高在一定程度上意味著測序覆蓋度更好。

 

圖2 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®相對進口品牌N*Ultra同類型產品具有更高的文庫轉化率。

樣本片段化E.coli gDNA接頭比例按各款試劑盒中推薦的數值。測定方法: qPCR文庫定量。

3)文庫擴增循環數少

獲得特定產量文庫所需的PCR循環數,是衡量試劑盒建庫效率的另一重要指標。PCR循環數不足,可能造成文庫產量低;PCR循環數過高,又將導致文庫偏好性增加、冗余度增加、嵌合產物增加、擴增突變積累等多種不良后果。在獲得相同產量文庫時,使用的PCR循環數越少,表示試劑盒的建庫效率更高。

表1 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®相對進口品牌N*Ultra同類型產品具有更低的擴增循環數

Input DNAng

Number of cycles required to generate

100ng

1000ng

Yeasen MaxUp

品牌N* Ultra

Yeasen MaxUp

品牌N*Ultra

500

0

1-2

3-4

3-4

100

3-4

5-7

7-8

8-9

50

6-7

7-9

8-9

11-13

10

9-10

11-13

12-13

14-16

1

12-14

-

16-17

-

4)優異的文庫質量

使用Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®對100 ng E.coli gDNA建庫,所得文庫均為單一條帶,正態分布,無雜峰,片段大小符合測序要求

 

 

圖3 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®所建文庫Agilent 2100 Bioanalyzer檢測

建庫樣本:片段化E. coli gDNA。雙輪分選比例(Post-adapter Ligation):0.6×/0.2×和0.55×/0.15×

5)測序數據

測序數據是反映建庫試劑盒性能的zui重要指標。使用Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®和N*Ultra品牌同類型產品用于大腸桿菌基因組DNA文庫構建,并使用Illumina® Hiseq 4000平臺,以PE150模式進行測序。所得Q30、堿基質量,Mapped Reads以及Coverage等方面均與品牌N*Ultra同類型產品相當,表現優異。

表2 大腸桿菌K12菌株基因組DNA測序數據統計

Input DNA: 100ng. Illumina Hiseq 4000, PE 150, reference genome: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655.

Product

Clean Reads

Clean Base(G)

Q30(%)

Mapped Reads(%)

Coverage(%)

Average Depth(X)

Yeasen

6,970,936

1.069

92.86

92.25

97.21

187.34

N*Ultra

6,667,866

1.018

91.83

92.11

96.92

186.90

 

 

圖4. Yeasen樣品測序數據Fastqc報告(左:序列質量分布;右:堿基分布)。

6)*的性價比

Yeasen致力于為您提供的產品!!

 

圖5 Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina®性價比更高

3、產品應用:

將1ng-1μg片段化DNA制備成適用于Illumina®測序平臺的文庫。

4、文獻引用

[1] Head S R, Komori H K, LaMere S A, et al. Library construction for next-generation sequencing: overviews and challenges[J]. Biotechniques, 2014, 56(2): 61.

[2] Parkinson N J, Maslau S, Ferneyhough B, et al. Preparation of high-quality next-generation sequencing libraries from picogram quantities of target DNA[J]. Genome research, 2012, 22(1): 125-133.

[3] van Dijk E L, Jaszczyszyn Y, Thermes C. Library preparation methods for next-generation sequencing: tone down the bias[J]. Experimental cell research, 2014, 322(1): 12-20.

[4] Wolf K, O'Neil D, Schroeer S, et al. Next‐Generation Sequencing Library Preparation from FFPE Tissue Samples[J]. Current Protocols in Molecular Biology, 2016: 7.24. 1-7.24. 14.

[5] Apone L, Liu P, Panchapakesa V, et al. Enhancing clinical utility of NGS with reduced bias, low DNA input, library construction[J]. 2016.

5、常見問題

Q: 該款試劑盒適用于哪些樣本的建庫?

A:本試劑盒適用于所有樣本的DNA建庫。

Q: 在使用該款試劑盒時,不同類型的樣本的Input DNA量應為多少?

A:Input DNA特指投入末端修復/dA尾添加步驟中的DNA。下表列舉了本試劑盒在常見應用中推薦的Input DNA量。

表1 常見應用中推薦Input DNA量

應用

樣本類型

推薦Input DNA量

全基因組測序

復雜基因組

50ng-1μg

靶向捕獲測序

復雜基因組

10ng-1μg

全基因組測序,靶向捕獲測序

FFPE DNA

≥50ng

全基因組測序,靶向捕獲測序

cfDNA/ctDNA

≥1ng

全基因組測序

微生物基因組

1ng-1μg

免疫共沉淀測序

ChIP-DNA

≥1ng

靶向測序

擴增子

≥1ng

【注】:上表為使用高質量DNA時推薦的Input DNA量,當Input DNA質量較差或需要進行片段分選時,應適當上調使用量。

Q: 文庫制備過程中,是否需要片段長度分選?

A:文庫制備過程中需要進行片段長度分選。分選步驟可選擇在末端修復/dA尾添加之前,或在接頭連接之后,或在文庫擴增之后進行。當Input DNA質量≥50ng,您可選擇在接頭連接后分選;如Input DNA質量<50ng,建議您在文庫擴增后進行分選。

Q: 使用該款試劑盒所得的文庫是否可以用于Ion Torrent平臺?

A:本款試劑盒針對Illumina®平臺開發,所得文庫僅適用于Illumina®平臺。

Q: 產品的有效期與保存方法?

A:產品所有組分-20°C保存,有效期1年。

Q: 純化和分選步驟,可以使用哪些磁珠?

A:純化和分選步驟,建議使用Hieff NGSTM DNA Selection Beads(Cat#12601)或AMPure XP Beads(Cat#A63880)或其他等效產品。

6、訂購信息

產品

貨號

規格

價格(元)

Hieff NGSTM MaxUp DNA Library Prep Kit for Illumina

12201ES08

8libraries

1726.00

12201ES24

24libraries

4626.00

12201ES96

96 libraries

16626.00

7、相關產品推薦

測序文庫制備,您還可能用到

建庫試劑盒

產品編號

規格

價格(元)

Hieff NGSTM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina®

12202ES08

8libraries

2456.00

12202ES24

24libraries

6486.00

12202ES96

96libraries

23567.00

 

建庫模塊

產品編號

規格

價格(元)

Hieff NGSTM DNA Selection Beads(Superior Ampure XP alternative)

12601ES03

1mL

296.00

12601ES08

5mL

986.00

12601ES56

60mL

6286.00

12601ES75

450mL

26186.00

Hieff NGSTM End Repair Module

12605ES20

20T

1466.00

Hieff NGSTM dA-Tailing Module

12606ES20

20T

1766.00

Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Ligation Module

12607ES24

24T

3266.00

12607ES96

96T

10866.00

Hieff NGSTM Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module

12608ES24

24T

2066.00

12608ES96

96T

6166.00

Hieff NGSTM Fast-Pace DNA Fragmentation Reagent

12609ES50T

50T

1466.00

Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 1

12611ES24

24T

1166.00

12611ES96

96T

4366.00

Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina®, Set 2

12612ES24

24T

1166.00

12612ES96

96T

4366.00

Hieff NGSTM Dual-Indexed Adapter Kit for Illumina® 

12614ES96

96T

6566.00

Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1

12615ES04

12×4T

1256.00

12615ES16

12×16T

4536.00

Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 2 

12616ES04

12×4T

1256.00

12616ES16

12×16T

4536.00

2×Super CanaceTM High-Fidelity Mix for Library Amplification

12620ES03

1mL

526.00

12620ES08

5×1mL

1426.00

 

 

 

 

文庫定量

產品編號

規格

價格(元)

Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix

12302ES05

500T

1526.00

Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard (1-6)

12307ES09

6×96μL

2126.00

Picogreen dsDNA Quantitation Reagent 雙鏈DNA(dsDNA)定量試劑

10224ES01

100µL

518.00

10224ES02

5×100µL

2118.00

10224ES03

10×100µL

3848.00

10224ES04

1×1mL

3768.00

Picogreen dsDNA Assay Kit 雙鏈DNA(dsDNA)定量檢測試劑盒

10225ES84

2000T

4238.00

 

 

 

 

 

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