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常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq）主要是在轉(zhuǎn)錄水平上對(duì)逆轉(zhuǎn)錄的cDNA進(jìn)行NGS測(cè)序，這樣可以全面快速地獲取某一物種在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本，包括mRNA和非編碼RNA。目前轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主流的方法是芯片法和RNA-Seq法。
RNA-Seq相較于芯片法優(yōu)勢(shì)明顯，如：
不受物種限制
通量高
靈敏度高
分辨率高
同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及SNP、UTR區(qū)域等。
此次疫情爆發(fā)，溯源工作主要是依靠這種方法。
圖1 常規(guī)RNA-Seq建庫流程
精品推薦
mRNA建庫試劑盒（適用Illumina平臺(tái)&MGI平臺(tái)）
樣本適用范圍廣：耐高溫，適合復(fù)雜模板mRNA建庫；
片段化可控： 片段大小均可選擇合適的打斷條件；
文庫質(zhì)量?jī)?yōu)異：多樣本類型測(cè)試，結(jié)果均能滿足不同客戶需求；
測(cè)序質(zhì)量?jī)?yōu)異： rRNA 殘留更低，有效數(shù)據(jù)占比更多。
圖2. RNA-Seq雙平臺(tái)建庫精品
產(chǎn)品特色
特色1. 精簡(jiǎn)建庫流程
RNA-Seq建庫流程將常規(guī)的二鏈cDNA合成、末端修復(fù)和接頭連接合并為一步，建庫流程更精簡(jiǎn)，節(jié)約時(shí)間1.5 h左右，滿足快速建庫需求。
圖3 .常規(guī)建庫流程
圖4.12300、13331建庫流程
特色2. 耐高溫的第四代逆轉(zhuǎn)錄酶
采用耐高溫的第四代逆轉(zhuǎn)錄酶，對(duì)溫度的耐受性高達(dá)60℃，有利于RNA模板二級(jí)結(jié)構(gòu)的打開，更利于逆轉(zhuǎn)錄的進(jìn)行。同時(shí)去除RNase H活性，大大避免了逆轉(zhuǎn)錄過程中RNase H對(duì)RNA-DNA雜交分子的RNA降解，提升反轉(zhuǎn)錄效率。
圖5 .YEASEN第四代逆轉(zhuǎn)錄酶與常規(guī)MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶優(yōu)勢(shì)對(duì)比
特色3.優(yōu)異的測(cè)序數(shù)據(jù)
鏈特異性文庫測(cè)序有超過98.5%的Reads比對(duì)到正義鏈。同時(shí)鏈特異性文庫的 Ambiguity reads更少，基因表達(dá)定量更準(zhǔn)確。
圖6 .鏈特異性建庫測(cè)序質(zhì)量分析
案例分析
樣本信息：human、Rat、Watermelon
試劑盒：MaxUpⅡ Dual-mode mRNA建庫試劑盒（12300）
測(cè)序類型：NovaSeq (PE 150)
測(cè)序數(shù)據(jù)：如下表
測(cè)序結(jié)果分析：MaxUpⅡ Dual-mode mRNA試劑盒測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量?jī)?yōu)異，有效數(shù)據(jù)占比高。
表1. 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)展示
| human | rat | watermelon | |
| Total reads | 27002948 | 46433810 | 32042644 |
| Mapped reads | 26591411(98.48) | 45579533(98.16) | 31555907(98.48) |
| mapped(non-unique) | 785559(2.91) | 2574310(5.54) | 693893(2.17) |
| mapped(unique) | 25805852(95.57) | 43005223(92.62) | 30862014(96.32) |
| Read-1 | 12931060(47.89) | 21560058(46.43) | 15464666(48.26) |
| Read-2 | 12874792(47.68) | 21445165(46.18) | 15397348(48.05) |
| Reads map to'+' | 12889843(47.73) | 21487890(46.28) | 15422784(48.13) |
| Reads map to'-' | 12916009(47.83) | 21517333(46.34) | 15439230(48.18) |
| Non-splice reads | 17278055(63.99) | 29192112(62.87) | 18829168(58.76) |
| Splice reads | 8527797(31.58) | 13813111(29.75) | 12032846(37.55) |
| Reads mapped in proper pairs | 25055676(92.78) | 41732426(89.88) | 29825204(93.08) |
關(guān)于產(chǎn)品
產(chǎn)品訂購(gòu)
| 試劑類別 | 產(chǎn)品名稱 | 貨號(hào) | 規(guī)格 | 目錄價(jià)/元 | */元 |
| Illumina平臺(tái) RNA建庫 | Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for Illumina® MaxUp II 雙模式mRNA 建庫試劑盒 | 12300ES08/16/96 | 8/16/96 T | 3872/9872/33872 | 2517/6417/22017 |
| 華大MGI平臺(tái) RNA建庫 | Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI® MaxUp II 雙模式mRNA建庫試劑盒 | 13331ES16/96 | 16/96 T | 8752/36852 | 5689/23954 |
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