過濾器是凈化系統的核心設備，過濾器對空氣形成阻力，隨著過濾器積塵的增加，過濾器阻力將隨著增大。當過濾器積塵太多，阻力過高，將使過濾器通過風量降低，或者過濾器局部被穿透，所以，當過濾器阻力增大到某一規定值時，過濾器將報廢。因此，使用過濾器，更要掌握合適的使用周期。在過濾器沒有損壞的情況下，一般以阻力判定使用壽命。
高效過濾器的更換安裝：
斷開安全柜的電源，挪開前部的前板，從節氣閘中拔下靜壓測試管，卸下固定風機罩的螺釘，移出風機罩，解開螺母和螺釘，移出風機裝置放在一邊，以備安裝新HEPA過濾器使用，向過濾器表面噴射固定劑小心地將過濾器從它的安裝位置取下如果需要，將過濾器材料落入安全的醫療垃圾袋中，將其密封，并貼上“危險廢物”的標記，按其類型進行相應的處理；在封閉過濾器的安裝區域后，將整個工作區域的密封解除；
過濾器的安裝：
小心將過濾器放對位置，按照拆除部件的相反順序重新安裝風機裝置。確保靜壓測試器的管子位置正確重新裝上前部的通路嵌板插上安全柜的電源，打開送風機。檢查負壓通道是否處于平穩狀態，所有的零部件正常運轉。關掉安全柜電源。測試外排和供風過濾器，重新設置手操作區進氣流量和垂直氣流量更換過程結束后，應當對場地和設備進行安全性檢查。測試風速、塵埃粒子。滿足要求后，整個更換過濾器的工作結束。
