基于SILAC的差異蛋白篩選策略詳解檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

dànbáizhì水平的表達(dá)變化是揭示生物過程、疾病機(jī)制和藥物作用的重要切入點(diǎn)。然而，由于dànbáizhì本身的復(fù)雜性和表達(dá)動(dòng)態(tài)范圍廣，如何實(shí)現(xiàn)jīngquè且可重復(fù)的蛋白定量一直是dànbáizhì組學(xué)的技術(shù)挑戰(zhàn)。穩(wěn)定同位素標(biāo)記的細(xì)胞培養(yǎng)法（SILAC）應(yīng)運(yùn)而生，基于SILAC的差異蛋白篩選策略通過在細(xì)胞培養(yǎng)階段引入重同位素標(biāo)記氨基酸，實(shí)現(xiàn)dànbáizhì水平的“內(nèi)源性”標(biāo)記，使得樣本間比較在質(zhì)譜層面具備高精度和可重復(fù)性。

一、SILAC原理概述：從氨基酸標(biāo)記到質(zhì)譜檢測(cè)

基于SILAC的差異蛋白篩選的核心原理是利用細(xì)胞在合成蛋白時(shí)天然攝取培養(yǎng)基中的氨基酸。通過將培養(yǎng)基中的天然氨基酸（“輕”型）替換為含有穩(wěn)定同位素的重型氨基酸（如13C6-賴氨酸、13C6 15N4-jīngānsuān等），可以在不干擾細(xì)胞生理狀態(tài)的前提下實(shí)現(xiàn)蛋白全標(biāo)記。

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)通常包括兩組或三組細(xì)胞，分別在含“輕”、“中”、“重”氨基酸的培養(yǎng)基中生長(zhǎng)。標(biāo)記完成后，樣本在裂解前按比例混合，進(jìn)行統(tǒng)一的酶切和質(zhì)譜分析。由于不同同位素標(biāo)記的肽段在質(zhì)譜中會(huì)產(chǎn)生可分辨的質(zhì)量差異，因此可直接比較同一肽段在不同條件下的豐度，實(shí)現(xiàn)相對(duì)定量分析。

二、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)關(guān)鍵點(diǎn)：如何提升定量準(zhǔn)確性與覆蓋率

1、細(xì)胞適應(yīng)與標(biāo)記效率控制

為確保dànbáizhì標(biāo)記wánquán，細(xì)胞通常需要在含重氨基酸的培養(yǎng)基中連續(xù)傳代至少五至六代，以確保其內(nèi)源性蛋白被重氨基酸wánquán取代。標(biāo)記效率可通過質(zhì)譜檢測(cè)隨機(jī)選取的肽段進(jìn)行評(píng)估，一般要求達(dá)到98%以上。此外，應(yīng)設(shè)立未標(biāo)記對(duì)照組以識(shí)別潛在的非特異性峰或干擾。

2、樣本混合與蛋白提取的一致性控制

混合樣本時(shí)應(yīng)嚴(yán)格按照細(xì)胞數(shù)或總dànbáizhì量進(jìn)行，避免因樣本量偏差引入系統(tǒng)性誤差。在蛋白提取和裂解過程中，需統(tǒng)一使用高效裂解緩沖液，并添加蛋白酶抑制劑，保證不同處理組之間的一致性和蛋白完整性。

3、質(zhì)譜分析流程：從肽段制備到差異蛋白鑒定

基于SILAC的差異蛋白篩選實(shí)驗(yàn)，樣本在酶解處理后進(jìn)入高分辨率質(zhì)譜系統(tǒng)（如Orbitrap或Q-TOF）進(jìn)行分析。質(zhì)譜輸出數(shù)據(jù)可通過MaxQuant、Proteome Discoverer等蛋白組學(xué)軟件平臺(tái)進(jìn)行處理，實(shí)現(xiàn)以下任務(wù)：

（1）dànbáizhì/肽段識(shí)別與定量

（2）同位素對(duì)峰提取與比值計(jì)算

（3）差異表達(dá)蛋白初篩與統(tǒng)計(jì)分析

SILAC數(shù)據(jù)中的定量wánquán基于內(nèi)標(biāo)體系，因此無需外源校準(zhǔn)標(biāo)準(zhǔn)曲線，定量精度顯著優(yōu)于傳統(tǒng)標(biāo)簽法（如iTRAQ/TMT）。

4、數(shù)據(jù)解讀與差異蛋白篩選策略

（1）Fold Change與P值雙閾值篩選

差異蛋白篩選通常采用Fold Change與統(tǒng)計(jì)顯著性雙重標(biāo)準(zhǔn)。根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康模現(xiàn)old Change設(shè)定為1.5或2倍變化，配合t檢驗(yàn)得出的P值（常設(shè)閾值為P<0.05）篩選候選蛋白。為控制多重比較引入的假陽(yáng)性率，建議采用Benjamini-Hochberg法進(jìn)行FDR校正。

（2）功能富集與通路分析賦能機(jī)制解析

篩選出的差異蛋白可進(jìn)一步進(jìn)行GO（基因本體）、KEGG（通路）富集分析，探索其可能參與的生物過程、分子功能和信號(hào)通路。結(jié)合蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI）分析，能夠識(shí)別潛在的關(guān)鍵調(diào)控因子，助力靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)與機(jī)制假說構(gòu)建。

三、SILAC技術(shù)應(yīng)用場(chǎng)景

SILAC技術(shù)廣泛應(yīng)用于多種生物學(xué)和疾病研究中，尤其在以下領(lǐng)域表現(xiàn)出顯著優(yōu)勢(shì)：

1、腫瘤研究：分析腫瘤細(xì)胞在藥物干預(yù)下的蛋白表達(dá)與磷酸化網(wǎng)絡(luò)變化，揭示耐藥機(jī)制

2、感染免疫：追蹤病毒或細(xì)菌感染宿主細(xì)胞后的蛋白調(diào)控動(dòng)態(tài)，探索宿主-病原相互作用

3、干細(xì)胞分化：解析干細(xì)胞在特定誘導(dǎo)條件下的dànbáizhì組變化，識(shí)別關(guān)鍵發(fā)育調(diào)控因子

百泰派克生物科技構(gòu)建了完善的SILAC蛋白組學(xué)技術(shù)平臺(tái)，配備高分辨率Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜系統(tǒng)與高性能納流液相系統(tǒng)，可實(shí)現(xiàn)：多條件SILAC標(biāo)記的高效方案設(shè)計(jì)與細(xì)胞培養(yǎng)支持；高深度肽段覆蓋與低豐度蛋白檢測(cè)；生物信息學(xué)一體化分析（含GO/KEGG/PPI等功能注釋）。我們致力于為腫瘤、感染、神經(jīng)、代謝等多領(lǐng)域科研項(xiàng)目提供定制化、可發(fā)表級(jí)別的數(shù)據(jù)交付方案，助力科研人員高效完成基于SILAC的差異蛋白篩選。通過科學(xué)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與嚴(yán)謹(jǐn)?shù)臄?shù)據(jù)分析，研究人員可以更可靠地篩選差異蛋白并深入探索其功能機(jī)制。百泰派克生物科技期待為您的科研項(xiàng)目提供高品質(zhì)SILAC蛋白組學(xué)服務(wù)，共同推動(dòng)生命科學(xué)的探索與創(chuàng)新。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合*藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

基于SILAC的差異蛋白篩選策略詳解檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹