無標記定量蛋白質(zhì)組學指南：從實驗到數(shù)據(jù)分析檢測技術服務詳情介紹

無標記定量dànbáizhì組學（Label-Free Quantitative Proteomics, LFQ）作為現(xiàn)代生物醫(yī)學研究的重要工具，因其無需額外標記、樣本處理簡便、數(shù)據(jù)量豐富而廣泛應用于疾病機制探索、藥物靶點篩選及生物標志物發(fā)現(xiàn)等領域。通過高分辨質(zhì)譜結合jīngquè的數(shù)據(jù)分析，LFQ能夠?qū)崿F(xiàn)對不同生物樣本中dànbáizhì表達水平的系統(tǒng)性比較。本文將系統(tǒng)梳理無標記定量dànbáizhì組學的實驗流程、關鍵技術要點以及數(shù)據(jù)分析策略，助力科研人員高效設計和執(zhí)行LFQ項目。

百泰派克生物科技結合Orbitrap Exploris系列高分辨質(zhì)譜儀與自主優(yōu)化的數(shù)據(jù)處理流程，提供一站式無標記定量dànbáizhì組學服務，助力全球科研客戶獲取可靠、可重復的深度dànbáizhì組數(shù)據(jù)。

一、無標記定量dànbáizhì組學概述

無標記定量方法主要通過測量肽段的質(zhì)譜信號強度（MS1級）或譜圖數(shù)量（MS/MS級）來推斷dànbáizhì豐度。相較于同位素標記（如SILAC、TMT）技術，LFQ具有實驗靈活性高、適配樣本類型廣泛、成本相對低廉等優(yōu)勢，尤其適用于大規(guī)模臨床樣本隊列研究。

核心技術路徑：

（1）基于MS1信號強度：通過檢測肽段峰面積進行定量，代表性軟件如MaxQuant、Proteome Discoverer。

（2）基于MS/MS譜圖數(shù)量（Spectral Counting）：通過統(tǒng)計特定dànbáizhì對應的碎片譜數(shù)量推測其豐度，多用于初步篩查。

二、樣本制備：數(shù)據(jù)質(zhì)量的dìyī道關口

1、樣本類型與預處理

常見的LFQ樣本包括細胞、組織、血清、血漿及其他體液。不同樣本類型對蛋白提取方法有特定要求：

（1）細胞/組織樣本：建議采用機械勻漿結合裂解液（含變性劑、還原劑及蛋白酶抑制劑）處理。

（2）血清/血漿樣本：需先去除高豐度蛋白（如白蛋白、免疫球蛋白）以提升中低豐度蛋白的檢測深度。

2、dànbáizhì提取與酶解

蛋白提取后需進行定量檢測（如BCA法），確保每個樣本加載蛋白量一致。隨后，采用yídànbáiméi（Trypsin）按適當酶對底物比例（常見為1:50或1:100）進行充分酶解，確保肽段生成均勻。

3、純化與分級

為了降低樣本復雜度、提升低豐度蛋白檢出率，通常推薦進行肽段脫鹽（如C18柱純化）及高pH反相液相色譜分級。

三、質(zhì)譜檢測：無標記定量dànbáizhì組學的核心

1、儀器選擇與參數(shù)優(yōu)化

百泰派克生物科技采用高分辨率、高靈敏度的Orbitrap Exploris 480質(zhì)譜儀，結合納升級液相色譜（nanoLC）系統(tǒng)，實現(xiàn)對復雜樣本中低豐度蛋白的jīngzhǔn檢測。

關鍵參數(shù)優(yōu)化示例：

（1）MS1分辨率：>= 60,000 @ m/z 200，提升峰識別精度

（2）數(shù)據(jù)采集模式：DDA（Data Dependent Acquisition）或DIA（Data Independent Acquisition）

（3）TopN設定：根據(jù)樣本復雜度調(diào)整（如Top20或Top30）以優(yōu)化掃描速度與覆蓋率

內(nèi)部質(zhì)控措施：

（1）引入iRT標準肽用于保留時間校準

（2）每批次穿插QC樣本，實時監(jiān)控質(zhì)譜性能穩(wěn)定性

四、數(shù)據(jù)分析流程：從原始數(shù)據(jù)到生物學洞見

1、原始數(shù)據(jù)處理

（1）峰提取與肽段識別：利用MaxQuant、Proteome Discoverer等軟件進行。

（2）dànbáizhì鑒定與定量：基于FASTA數(shù)據(jù)庫檢索，控制1%FDR（False Discovery Rate）保證鑒定質(zhì)量。

2、數(shù)據(jù)歸一化與缺失值處理

（1）歸一化：如基于總離子流（Total Ion Current, TIC）或中位數(shù)歸一化，消除樣本間技術偏差。

（2）缺失值填充：區(qū)分隨機缺失（MAR）與非隨機缺失（MNAR），采用適當?shù)牟逖a策略，如小值替代或kNN算法。

3、差異蛋白篩選標準

通常設置如下篩選條件：

• Fold Change（FC）>1.5或<0.67

• 調(diào)整后p值（Benjamini-Hochberg校正）<0.05

4、功能富集與通路分析

通過GO（Gene Ontology）、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）等數(shù)據(jù)庫進行差異蛋白功能注釋與通路富集分析，揭示潛在的生物學機制。

百泰派克生物科技無標記定量dànbáizhì組學服務優(yōu)勢

• *平臺：搭載Orbitrap Exploris 480、Fusion Lumos等旗艦質(zhì)譜系統(tǒng)

• 標準化流程：從樣本制備到數(shù)據(jù)分析，遵循嚴格QC體系

• 定制化分析：支持DDA、DIA及混合采集策略，滿足不同研究需求

• 深度挖掘：提供差異蛋白篩選、PPI網(wǎng)絡構建、生物標志物預測等增值分析服務

無標記定量dànbáizhì組學以其高靈敏度、廣覆蓋、操作簡便等優(yōu)勢，正在生命科學研究與轉(zhuǎn)化醫(yī)學領域展現(xiàn)巨大潛力。規(guī)范的實驗設計與高效的數(shù)據(jù)處理是確保LFQ研究成功的關鍵。百泰派克生物科技致力于為科研人員提供高質(zhì)量、全流程的dànbáizhì組學解決方案，助力每一次科學探索邁向更高的精度與深度。若您有無標記定量dànbáizhì組學相關項目需求，huānyíngfǎngwèn百泰派克生物科技或聯(lián)系我們的zhuānyè團隊，開啟您的高質(zhì)量科研之旅！

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術*，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!

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