簡介

測序數據處理工作包內共開發了15款小工具，歸納總結為三大類：

1.納米孔數據處理小工具

2.fq/fa處理小工具

3.Bam/sam處理小工具

測序數據處理工作包提供納米孔數據轉化，多樣本拆分分析，數據的相互轉化、統計、提取、去重、過濾等分析。

產品特點

（一）fast5轉fastq

1.提供便捷的basecalling和多樣本拆分功能 ；

2.fast5數據文件可以遞歸搜索

3.芯片類型支持R9.4，R10.3以及R10.4+Q20

4.轉化模式支持快速轉化（FAST）、高準確轉化（HAC）以及超高準確率轉化(SUPER)

5.提供多樣本試劑盒列表，同時支持自定義試劑盒，滿足多樣化的需求

6.支持去接頭和barcode序列

（二）自定義barcode拆分

（三）接頭和barcode序列去除

（四）fq/fa相互轉換

（五）數據基礎統計

（六）序列去重

（七）序列條件過濾

（八）序列合并與拆分

（九）序列轉換

（十）序列挑選

1.提供便捷的目標序列挑選功能

2.支持fastq和fasta數據格式

3.子序列的輸入允許簡并堿基的輸入

4.序列匹配方式多：正反向、僅正向、僅反向

5.支持容錯堿基個數調整

6.優先兼并堿基，再考慮容錯堿基個數

（十一）bed位置提取

（十二）linux與win格式轉換

（十三）序列提取

1.提供便捷的比對序列提取功能

2.提供“提取比對上序列”和“提取未比對上序列”兩種分析模式

3.數據提取結果文件，支持以fastq和fasta格式保存

4.提取標準，提供“次優比對”和“局部比對”選擇

5.輸入數據，支持bam和sam文件格式，以及單端和雙端數據

（十四）比對位置分析

（十五）比對覆蓋度