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簡(jiǎn)介
微生物基因組組裝及注釋分析系統(tǒng)，是由杭州柏熠科技有限公司開(kāi)發(fā)的一款提供圖形操作界面的測(cè)序數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)。組裝模塊的提供可以更好的對(duì)測(cè)序的物種信息進(jìn)行評(píng)估，相較于傳統(tǒng)微生物培養(yǎng)和熒光定量PCR技術(shù)，全基因測(cè)序技術(shù)能夠高效獲得物種基因組信息、變異信息、物種差異等，克服檢測(cè)周期長(zhǎng)、操作繁瑣、通量低等問(wèn)題。本系統(tǒng)兼容三代Nanopore和二代原始測(cè)序數(shù)據(jù)，可實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)快速分析，提供三代有參組裝、無(wú)參組裝、混合組裝、二代單雙端組裝模式。可以使用戶快速得到組裝結(jié)果、覆蓋度、統(tǒng)計(jì)信息、耐藥和毒力分析、基因注釋、MLST等結(jié)果。本系統(tǒng)提供從下機(jī)數(shù)據(jù)到結(jié)果報(bào)告一鍵式操作，與常規(guī)linux shell命令行調(diào)用多種程序測(cè)序數(shù)據(jù)分析相比，解決了操作難度大、分析可視化復(fù)雜等問(wèn)題。通過(guò)高度優(yōu)化的集成分析流程與完善的數(shù)據(jù)庫(kù)，最終實(shí)現(xiàn)一鍵式圖形界面分析，分析時(shí)間可縮短至10分鐘內(nèi)。
功能介紹
本系統(tǒng)同時(shí)支持Nanopore、Pacbio等三代測(cè)序數(shù)據(jù)和Illumina、MGI、Ion Torrent等二代測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析，具體功能如下：
1.支持主流二代和三代測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)的分析；
2.提供從下機(jī)數(shù)據(jù)到分析結(jié)果一鍵式操作；
3.支持多個(gè)主流組裝軟件選擇，提供無(wú)參，有參和混合組裝三種組裝方式；
4.支持多樣本和不同格式數(shù)據(jù)輸入；
5.提供樣本全基因組的覆蓋度圖和組裝完成的一致性序列；
6.有參組裝提供變異分析；
7.支持基因組組裝結(jié)果注釋，提供gff，gbk等注釋文件；
8.提供耐藥元件鑒定、耐藥機(jī)理和耐藥藥物鑒定等分析；
9.提供毒力元件鑒定、毒力機(jī)理等分析；
10.支持MLST分析；
11.可輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息；
12.提供結(jié)果數(shù)據(jù)做圖、統(tǒng)計(jì)功能以及圖表輸出功能；
13.提供樣本管理系統(tǒng)，支持輸入樣本的具體信息，包括樣本病案信息、取樣信息、臨床診斷信息，支持樣本信息和數(shù)據(jù)分析管理關(guān)聯(lián)等；
14.支持一鍵輸出可打印的分析報(bào)告，支持圖形和表格等結(jié)果的下載和輸出；
15.分析系統(tǒng)能夠提供國(guó)家認(rèn)可的計(jì)算機(jī)軟件著作權(quán)登記證書(shū)或其他知識(shí)產(chǎn)權(quán)證明。
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