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我國科學家構建全球首個綜合性新生RNA數據庫！
2025年07月16日 11:49:53
來源：化工儀器網 作者：羊舌木 點擊量：379
該數據庫整合了3664個新生RNA測序數據集，覆蓋22個物種、415項研究，并系統鑒定了超過55萬個轉錄調控元件（TRE），為解析基因表達調控機制提供了革命性工具。
近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院鮑習琛團隊宣布，成功構建全球首個綜合性新生RNA數據庫NaRaDa(http://www.narada.bio)，該數據庫整合了3664個新生RNA測序數據集，覆蓋22個物種、415項研究，并系統鑒定了超過55萬個轉錄調控元件(TRE)，為解析基因表達調控機制提供了革命性工具。
基因轉錄是生命活動的核心過程，其動態變化直接決定細胞命運與疾病發生。傳統RNA測序技術因聚焦于穩態RNA，難以捕捉轉錄起始、暫停等瞬時事件。鮑習琛團隊采用新生RNA測序技術(如GRO-seq、PRO-seq)，通過標記"新生RNA"(即正在轉錄的RNA片段)，首次實現了對轉錄動態的三維實時監測：
1.即時表達分析：精準量化基因初始轉錄水平；
2.轉錄暫停解析：通過暫停指數(PI)量化RNA聚合酶在轉錄起始位點的停滯與釋放；
3.非編碼元件調控：揭示增強子RNA(eRNA)等非編碼轉錄本的活性及其對基因表達的調控作用。
在國家重點研發計劃等項目支持下，研究團隊歷時五年構建了NaRaDa數據庫，其核心優勢包括：多維度數據整合，匯聚人類、小鼠、擬南芥等22個物種的3664個高質量數據集，涵蓋細胞分化、刺激響應、疾病模型等多元場景；智能調控元件鑒定，通過HOMER、dREG等算法，系統識別558,574個TRE，并關聯ENCODE、FANTOM5等數據庫的表觀遺傳修飾(如H3K4me1)和疾病風險SNP信息；用戶友好交互平臺，提供"基因中心"與"項目中心"雙模式檢索，支持在線分析轉錄差異、暫停指數變化，并可預測功能性轉錄因子(TF)，結果可直接下載用于深度研究。。
該數據庫的應用前景廣闊，不僅可系統量化基因調控網絡的動態變化，解析轉錄動力學特征，還能結合疾病相關SNP與TRE的關聯分析，揭示未知的染色質調控異常與病理聯系。
例如，通過分析MyoD或iPSC誘導過程中的轉錄暫停釋放事件，可深化對轉錄因子調控細胞命運的理解。研究團隊表示，NaRaDa將持續納入更多物種與單細胞水平數據，并開發AI驅動的轉錄調控網絡預測模型，旨在構建轉錄調控的“導航系統”，連接微觀動態與宏觀生命現象，為解碼基因組“暗物質”功能提供全新視角。
此成果標志著我國在轉錄組學領域邁出關鍵一步，為全球生物醫學研究者提供了強大的數據挖掘與分析平臺，有望推動精準醫學與再生醫學的突破性進展。相關成果發表于《創新·生命》(The Innovation Life)。
資料參考來源：中國科學報
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