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藥物制備液相色譜儀通過一固定于柱中或平板上、與流動相互不相溶的固定相表面。當流動相中攜帶的混合物流經固定相時，混合物中的各組分與固定相發生相互作用。分析色譜的目的，是分析出混合物中一個(或者幾個)純物質的含量。制備色譜的目的，是從混合物中得到純物質。為了加快分離的時間與提高分離的效率，制備色譜的的進樣品量很大，導致制備色譜柱子的分離負荷的相應加大，也就必須加大色譜柱填料，增大制備色譜的直徑和長度，使用的相對多的流動相。然而，當藥物制備液相色譜儀上樣品負載加大的時候，往往導致柱效急劇下降而得不到純的產品。制備色譜，要解決容量與柱子效果之間的矛盾，對重現性也要考慮。從經濟上來說，制備色譜要爭取少用填料，少用溶劑，要盡可能多的得到產品。
由于混合物中各組分在性質和結構上的差異，與固定相之間產生的作用力的大小、強弱不同，隨著流動相的移動，藥物制備液相色譜儀在兩相間經過反復多次的分配平衡，使得各組分被固定相保留的時間不同，從而按一定次序由固定相中先后流出。與適當的柱后檢測方法結合，實現混合物中各組分的分離與檢測，因為沒有必要達到分析色譜那樣的分離度，可以在一定范圍內大大加大進樣的濃度和體積，在做分離的時候，也有一些分析色譜的時候，不能用到的技巧。
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