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與傳統的液相色譜（HPLC）相比，UPLC具有以下優勢：
1.高分離度（ultra resolution）
根據液相色譜分離的解析度方程，解析度正比于柱效能的平方根
而根據范迪姆特（Van Deemter）色譜理論，柱效反比于系統固定相粒度大小。UPLC系統運用的固定相粒度能達到1.7μm，根據上述方程，該系統達到的效能將比5μm粒度系統高70%，而比3.5μm高40%。
2. 高速度（ultra speed）
在保證得到同樣質量數據的前提下，UPLC能提供單位時間內更多的信息量。在不影響解析度的的情況下，小粒度能提供更高的分析速度，同樣也能使柱長減少，根據Van Deemter色譜理論，*流速反比于粒度大小。
例如，運用1.7μm的顆粒，相對于5μm顆粒，在不影響柱效的情況下，柱長將可以立方級的減少，而且可以在3倍的流速下運行，相同的解析度情況下，分離速度提高了9倍。
3. 靈敏度（sensitivity）
過去對于提高靈敏度的研究大都集中于檢測器上，不論是光學檢測器還是質量檢測器。但是，其實運用UPLC也能提高分析的靈敏度。
UPLC能提高柱效N，從而使峰寬w變的更窄，而峰高卻增加了，同時，由于UPLC運用了更短的柱子（柱長L更小），進一步增加了峰高。因此，在提高柱效的同時，運用1.7μm的UPLC系統比5μm和3.5μm的系統靈敏度分別提高了70%和40%，而在柱效下相同情況下，能分別提供3倍和2倍的靈敏度。
在儀器工藝方面，Waters ACQUITY UPLC采用了新型的色譜填料及裝填技術，配備了的超高壓液相色譜泵、自動進樣器、高速檢測器，并優化了系統的綜合設計，使儀器分析能力大大增強。
由于UPLC是一個新興的領域，與傳統的HPLC相比，UPLC的速度、靈敏度及分離度分別是HPLC的9倍、3倍及1.7倍。目前，UPLC多應用于代謝組學分析及其他一些生化領域，在天然產物的分析方面運用也逐漸興起，因為在這些領域深入研究需要更高的分析精度。使用UPLC與Q-Tof-MS或trap-tof-MS等質譜檢測器連接，對天然產物分析，特別是中藥研究領域的發展將是一個極大的促進。
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