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RAPD技術(shù)及其在假絲酵母菌研究中的應用

來源:上海士鋒生物科技有限公司   2016年03月16日 07:56  

近年來,隨著腫瘤、自身免疫病、器官移植、糖尿病、獲得性免疫缺陷綜合征(AIDS)等患者的不斷增多,侵入性診斷治療手段的廣泛實施,各類免疫抑制劑和廣譜、超廣譜抗生素的大量使用,臨床上真菌感染呈明顯上升趨勢[1],其中假絲酵母菌在醫(yī)院真菌感染中zui常見,占80%以上[2],故快速、準確地對其鑒定、分型并分析該菌種間、種內(nèi)的親緣關(guān)系對研究假絲酵母菌的致病性、藥物敏感性、預防監(jiān)測流行病學調(diào)查具有重要意義。傳統(tǒng)的真菌分型方法主要是表型分型如形態(tài)學法、血清學法、藥物敏感性分型等,但耗時費力,易受環(huán)境及人為因素的影響,鑒別力弱,穩(wěn)定性差。隨著分子生物學的發(fā)展,DNA分析技術(shù)廣泛應用于病原微生物的檢測,如:限制性片段長度多態(tài)性分析(RFLP),單鏈構(gòu)象多態(tài)性分析(SSCP),隨機擴增DNA多態(tài)性(RAPD),脈沖場凝膠電泳等,其中RAPD技術(shù)具有簡便快速,短期內(nèi)可以分析大量樣本等特點,在醫(yī)學真菌研究中顯示出巨大的潛力。

1 RAPD的基本原理

隨機擴增多態(tài)性DNA分型法(random amplied polymorphic DNA,RAPD)又稱任意酶鏈反應(Arbitrily primer PCR,AP-PCR),由Williams等[3]于1990年創(chuàng)用,該方法利用任意10個左右的寡聚核苷酸鏈作引物,以所研究的基因組DNA為模板進行PCR擴增,擴增產(chǎn)物(即DNA片段)通過瓊脂糖凝膠電泳,經(jīng)溴化乙腚(EB)染色檢測多態(tài)性,在擴增條件相同的情況下,不同種屬的個體基因組成相差明顯,擴增產(chǎn)物呈現(xiàn)不同電泳帶型,同種內(nèi)不同個體由于基因突變、插入、缺失或置換影響引物的特定結(jié)合位點,導致DNA擴增條帶增多、減少或長度改變,而同一引物的擴增產(chǎn)物中電泳遷移率一致的被認為具有同源性,因此不僅反映生物個體之間的遺傳穩(wěn)定性,也能同時清晰敏感地反映出遺傳差異。

2 RAPD技術(shù)的主要優(yōu)勢

RAPD方法建立在PCR基礎(chǔ)之上,因此具有模板用量少、技術(shù)簡單、靈敏度高和特異性強等優(yōu)點,但與其他DNA多態(tài)分析方法相比較,還有其*的優(yōu)勢。

*,RAPD勿需知道模板DNA任何序列信息,對其進行擴增,構(gòu)建不同種、不同菌株的基因指紋圖譜,進而分析DNA的多態(tài)性,這是其他方法進行此類研究所不能比擬的[4]。

第二,鑒別力強。Bostock[5]等將RAPD與PFGE、REA-RFLPs進行比較分析發(fā)現(xiàn)15株白假絲酵母菌中,PFGE產(chǎn)生14個電泳核型,E.CORI-RFLPs產(chǎn)生7種不同的DNA型別,而RAPD則能分出13個亞型,是一種快速簡捷的方法并有著與PFGE類似的分辨力。隨后許多學者進行了類似的研究[6-8],對RAPD予以高度評價,認為目前已有的分型方法中,RAPD可能是*位選擇。

第三,RAPD技術(shù)無需DNA探針,不涉及Southern雜交,放射自顯影或其他技術(shù),操作步驟少,實驗周期短,成本較低,能在較短的時間內(nèi)篩選大量樣品。

3 RAPD技術(shù)在假絲酵母菌研究中的應用

3.1 用于種間及種內(nèi)菌株分型 假絲酵母菌是條件致病菌感染中zui常見菌群,其種間及種內(nèi)分型具有重要的流行病學及臨床意義。Robert[9]等應用1個10bp隨機引物RAPD方法將分離自非相關(guān)患者不同解剖部位的32株白假絲酵母菌分成22個不同的DNA型別。項明潔等[10]采用優(yōu)化實驗條件對自上海瑞金醫(yī)院臨床分離的22株酵母菌菌株進行RAPD分析,從而得到假絲酵母菌具有不同的擴增指紋,進而揭示了RAPD在酵母菌分型中的應用。廉翠紅等[11]利用兩條隨機引物RAPD方法,將來源于不同陰道念珠菌病患者的97株臨床分離株分別分成19個和21個型別??梢姡琑APD具有很好的分型能力。

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