陽離子色譜柱的操作壓力，氣動和儲放基本與陰離子色譜柱相似，一般陽離子色譜貯備液均采用淋洗液，但對于羧酸型陽離子色譜柱，為了避免色譜固定相產生酯，不能采用醇類作為流動相成分，一般也不用堿作為流動相成分，特別是硅膠型基質的固定相。

  對于離子色譜柱的清洗，主要可分為以下兩種情況：

 （一）高價陽離子和酸溶性組分的清洗

  1 配合1mol/l HCL清洗液；

  2 斷開抑制器，如果系統含有保護住和分離柱，將保護柱接在分離柱之后；

  3 設置泵的流速對4mm色譜柱為1.0ml/min；對2mm色譜柱為0.5ml/min；

  4 用10mmol/l HCl沖洗色譜柱15min；

  5 用清洗液通色譜柱60min；

  6 用10mmol/l HCl沖洗色譜柱；

  7 用淋洗液平衡色譜柱30min；

  8 重新連接抑制器到色譜柱和保護柱。

 （二）親脂性陽離子和有機污染

  1 斷開抑制器，將色譜柱直接與泵相連；

  2 設置泵的流速對4mm色譜柱為1.0ml/min；對2mm色譜柱為0.5ml/min；

  3 如果對梯度泵分別設置100mmol/l HCl和90%乙腈，用梯度洗脫色譜柱，如果沒有梯度泵則分別用這兩種清洗液清洗色譜柱；

  4 重新連接色譜柱，用淋洗液重新設置平衡色譜柱。