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Nature發表重要成果:CRISPR–Cas的抑制系統

來源:上海源葉生物科技有限公司   2015年09月26日 11:09  

來自多倫多大學、蒙大拿州立大學的研究人員,揭示出了anti-CRISPR蛋白抑制CRISPR–Cas的多種機制。新研究結果不僅為闡明CRISPR–Cas的功能機制指明了新途徑,并有可能為更好地操控CRISPR–Cas系統提供大量有價值的工具。這一重要的研究發布在9月23日的《自然》(Nature)雜志上。
細菌和感染它們的病毒(噬菌體)之間發生的生存之戰,導致進化出了許多的細菌防御系統以及噬菌體編碼的對抗系統。CRISPR和cas基因構成的適應性免疫系統是細菌保護自身對抗噬菌體zui普遍的一種手段。CRISPR–Cas RNA引導的免疫系統廣泛存在于原核生物中,對微生物的進化起重要作用。
近年來,CRISPR–Cas系統的復雜功能機制,以及其能夠輕松對任何有機體的遺傳信息進行編輯,在基因工程領域和生物領域顯示出的巨大應用潛力,吸引了研究人員對這些系統開展深入的研究(延伸閱讀:張鋒Nature發布CRISPR基因編輯新成果 )。
當細菌抵御外源DNA入侵時, CRISPR在前導區的調控下首先被轉錄為長的RNA前體(pre-crRNA),然后加工成一系列短的含有保守重復序列和間隔區的成熟CRISPR RNAs (crRNAs),crRNAs與Cas蛋白結合形成復合物zui終識別并剪切與其互補的外源DNA序列。
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在I-F型CRISPR–Cas系統中,Csy4蛋白是CRISPR特異性的核糖核酸內切酶,其可以對pre-crRNA中的每個重復序列進行切割生成長度為60個核苷酸的成熟crRNA。Csy4結合成熟crRNA的3′末端,然后與Csy1、Csy2和Csy3蛋白組裝形成350 kDa的監控復合物。這一復合物依賴于32個核苷酸的crRNA片段與入侵的DNA序列進行互補堿基配對。Csy復合物結合靶DNA導致招募了核酸酶-解螺旋酶蛋白Cas3,及隨后降解噬菌體基因組。
由多倫多大學Alan R. Davidson和Karen L. Maxwell領導的這一研究小組,早在2012年的Nature雜志上就發表了一篇研究論文,*次證實一些基因介導了對CRISPR/Cas系統的抑制作用。他們在感染綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa)的細菌噬菌體中發現了5個不同的I-F型 “anti-CRISPR”基因。并證實噬菌體anti-CRISPR基因突變使得它無法感染具有功能性CRISPR/Cas系統的細菌。將相同的基因添加到CRISPR/Cas靶向噬菌體的基因組中,可以讓它逃避CRISPR/Cas系統。研究人員指出,噬菌體編碼的這些anti-CRISPR有可能代表了噬菌體戰勝非常普遍的CRISPR/Cas系統的一種廣泛的機制。
在這篇的Nature文章中,研究人員確定了其中三種anti-CRISPR蛋白:AcrF1、AcrF2和AcrF3的功能機制。他們對這些蛋白進行了生物化學及體內研究,證實每一個anti-CRISPR蛋白都通過不同的機制來抑制了CRISPR–Cas的活性。有兩個anti-CRISPR阻斷了CRISPR–Cas復合物的DNA結合活性,但它們是通過與不同的蛋白質亞基互作,利用了空間或非空間抑制模式來做到這一點的。第三種anti-CRISPR蛋白通過結合Cas3解螺旋酶-核酸酶,阻止其招募到結合DNA的CRISPR–Cas復合物上來起作用。在體內,這一anti-CRISPR可以將CRISPR–Cas系統轉變為轉錄遏制物,證實了一種蛋白質相互作用蛋白可以調控CRISPR–Cas活性。作者們認為,這些anti-CRISPR蛋白質不同的序列及作用機制表明了獨立的進化,并預示了還存在其他的方式——蛋白質借助于它們改變了CRISPR–Cas的功能。
新研究探討了蛋白質抑制CRISPR–Cas系統的機制。這些多樣且不同的機制反映了病毒-宿主軍備競賽深層的進化根源。這些已知和尚有待發現的Anti-CRISPR,將為認識和操控CRISPR–Cas系統提供大量有價值的工具。其中一個例子就是,新研究發現AcrF3通過阻止招募Cas3將CRISPR–Cas系統轉變為了一個基因調控因子。由于除了破壞外源DNA,CRISPR–Cas系統來執行著各種功能,許多重要的功能有可能是由與CRISPR–Cas元件互作,由此改變了這一系統活性的蛋白質來完成。

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