抗原決定簇大多存在于抗原物質的表面，有些存在于抗原物質的內部，須經酶或其他方式處理后才暴露出來。一個天然抗原物質可有多種和多個決定簇。抗原分子越大，決定簇的數目越多。在各個抗原決定簇中，zui易引起免疫應答的是免疫原性決定簇。決定簇可進一步細分為兩類：

①抗原決定簇。作用在B細胞上，并可與對應體的Fab段結合。ELISA試劑盒

②免疫原性決定簇。zui后作用在T細胞上，與細胞免疫有關。

抗原分子的B細胞決定簇大小不同，其zui大表面積約為50～70mm,約由4～6氨基酸殘基或糖基組成。100個氨基酸殘基多肽可有14到20個非重疊決定簇，由線狀排列彼此相鄰的氨基酸組成，故稱為線性或連續性決定簇。而球蛋白是有三維空間的折疊肽鏈，故其大多數決定簇被掩蓋在內部，可稱為隱蔽性決定簇。只存在于其表面的決定簇可被免疫細胞識別，或與抗體結合者稱為功能性決定簇。組成這種決定簇的氨基酸，是由折疊的肽鏈將有同位置的氨基酸使之相鄰成為有一定空間構型的決定簇，故稱為構像決定簇或不連續決定簇。現已證明抗原分子的抗原性是由其組成的氨基酸序列、空間構型及其決定簇片段的移動決定的。

T細胞決定簇為免疫原性多肽片段，屬連續性決定簇。但它不存在天然蛋白分子表面，必須經抗原呈遞細胞加工處理為小肽分子，然后再與自己MHC分子結合才能被T細胞所識別。而B細胞決定簇可存在于天然抗原分子表面，不須經加工處理，即可直接被B細胞所識別。

在天然大分子蛋白質抗原直接證明其存在有T細胞決定簇和B細胞決定簇是十分困難的。但用小分子已知結構的免疫原進行研究已證明其存有2種決定簇。胰腺高血糖素激素（glucagon）由29個氨基酸組成，有免疫原性。由其產生的抗激素抗體可識別其氨基末端。由其產生的殺傷T細胞可識別其羧基末端，相當于激素分子的載體部分。由此證明胰高血糖素分子的氨基端為B細胞決定簇，而羥基端為T細胞決定簇ELISA試劑盒

抗原物質的這兩種決定簇的部位決定著體液免疫和細胞免疫的特異性 。蛋白質抗原決定簇的大小一般不超過6～8個氨基酸殘基 ；碳水化合物抗原決定簇約含6 個單位的己糖(六碳糖)；核酸半抗原的每個抗原決定簇約含6～8個核苷酸。抗原決定簇的特異性不僅依賴其氨基酸組成、數目和排列順序，也依賴于分子局部構型以及分子的其余部分對此局部構型的影響。