手動也就是由由計數器、探筆、計數池等部分組成；一般使用單位計數不是很頻繁，培養的菌體不超過3位數，基本都采用手動就行了。

自動菌落技術器有兩種，分別為與可與電腦，配有系統軟件，可將培養皿放在儀器上面由電腦里系統軟件識別，計數可以以鼠標點擊等方式計數，計數完了可出具數據報告，另一種就是可以在前一種的檢測方式上同時還可以檢測抑菌圈，大腸桿菌，螺旋分析的功能，一般需要出具數據報告分析及需要進行其他，如抑菌圈測定和大腸桿菌測定的就可以采用全自動的菌落計數儀。　　

   菌落計數器的應用領域　

　 醫院/疾病控制/衛生檢驗中心/檢驗檢疫局/質量技術監督局　

　 大學：食品科學與工程微生物發酵免疫醫學檢驗公共衛生　　　　

   科學院/研究機構/環境監測部門/自來水公司　　　　

   制藥企業：生物制藥，化學制藥，抗生素企業,化妝品企業

   食品企業：(1)飲料(2)飲用水(3)乳品(4)保健食品(5)糕點糖果(6)膨化食品 (7)食品添加劑(8)糧食及其制品(9)酒類(10)調味品(11)微生態　　　　

   消毒劑、消毒器械：(1)消毒劑(2)消毒器械(3)生物指示劑(4)化學指示劑(5)滅菌包裝物　　　　   一次性使用醫療用品　(1)輸注類(2)導管類(3)診斷、治療器具類(4)透析器具類(5)麻醉器具類(6)手術巾、敷料類(7)護理器材類　　　　

   衛生用品(1)衛生巾(2)尿布(3)皮膚、粘膜衛生用品(4)隱形眼睛護理用品(5)其他的一次性衛生用品