在一定的色譜操作條件下（例如：當流速、溫度一定時），是固定相的結構決定了化合物的相對保留（出峰順序），色譜分離的過程和化合物流出色譜柱的時間。如果任意兩個化合物流出色譜柱所需的時間相同，則它們無法得到分離。如果它們能夠得到分離，固定相對他們的保留程度不同，流出色譜柱的時間也不同。

固定相的極性

  我們通常依據極性來挑選色譜柱。極性是固定相的一個整體性質，它是由固定相的結構決定的。固定相的極性并不會直接影響分離的獲取，但會對色譜柱特性產生各種影響。一些重要的色譜柱特性有：柱壽命、溫度限制、流失水平和樣品容量。直接影響分離的是固定相的選擇性，它與固定相極性的概念常混用，這樣并不準確但較為普遍。

固定相的選擇性

  與極性相同，固定相的選擇性也是由其結構決定的，但目前對其的理解還尚不*，也不容易解釋與描述。簡單來說，選擇性就是固定相分辨兩種化合物的物理或化學性質細小差別的能力。從固定相的角度來看，只要兩種化合物的性質之間具有可辨別的細微差別，那么固定相和它們之間的相互作用便不同。如果作用力的區別較為明顯，則其中一個化合物的保留程度勢必更強，則分離發生。但如果，某一特定的固定相無法辨別化合物之間性質上的差異，即便它們的結構不同，則仍無法得到分離。

  固定相與待測物的一些性質如：極性、溶解性、偶極大小和氫鍵結合能力等共同影響了選擇性。在很多情況下，都不是單一的因素在起作用，所以通常都存在多重選擇性影響。而且，很多的化合物性質如氫鍵或偶*度比較難以測定。這也就使得準確預測和解釋化合物在色譜柱上的保留或分離是十分困難的。

  不過，一些一般性的規律還是可以遵循的。所有的固定相都有與極化率相關的相互作用，極性較強的物質一般保留也會增加。對于甲基和苯基取代的聚硅氧烷類固定相，這是它們*重要的相互作用。物質在固定相中的溶解性也會影響保留，溶解性越強則保留越強。聚乙二醇類和氰丙基取代的聚硅氧烷類固定相具有很強的偶極和氫鍵特性。三氟丙基取代的聚硅氧烷類固定相則具有中等的偶極特性。

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