1、cell counting：盡量做到準確，會影響input結果。

2、cross link：甲醛的終濃度是1%，這個基本所有的protocol上都會強調。

3、resuspend cellswith SDS:一定要選用小的tip頭，在液面下吹打，否則很容易產生氣泡，后面的sonication就麻煩了。

4、sonication：ChIP中zui重要的一部分，合適的條件要自己摸索，可以一次嘗試不同次數的sonication，然后建議采用EZ-ChIP上推薦的方法看看sonication的效果如何。

5、加入salmon spermDNA/Protein A or G之前要先混勻，因為salmon sperm DNA是很粘稠的物質，若不混勻，后面你會發現beads的量不一樣，自然也會影響實驗的結果。

6、wash 的時候前面幾個步驟可以不用洗的太干凈，但zui后一個要盡量吸干凈，必要時可用gel loading tips吸。

7、含beads的samples離心時，有的protocol上推薦是1000rpm，45秒，但可以根據情況調整，但要注意轉速不能太快防止beads破碎。（當然如果采用的是magnetic的beads就不存在這個問題）

8、reverse crosslink可以是65°4個小時，也可以overnight。

9、reverse crosslink后的在進行下面步驟之前建議先離心，把蒸發到離心管蓋子上的部分離下來。

10、每次行real time PCR之前都要把sample離心保證取樣的準確。

11、1~10ul的槍取3ul以上才比較準確，所以考慮好自己PCR反應體系的配置。

12、一個ChIP一般需要3~4天的時間，其中有幾個步驟是可以停下來的：

（1）細胞收集：用含蛋白酶抑制劑的PBS洗滌離心，去上清的細胞收集液可置-80°凍存；

（2）用SDS重懸細胞后可置-80°凍存；

（3）sonication結束，離心后的上清置新的離心管后可-80°凍存；

（4）reverse cross-link后的標本可-80°凍存。

13、agarose beads 的wash過程中以及后面的DNA提取過程中乙醇的wash，可以用細胞室的那種吸引器，接上200ul的tip頭吸，這樣會節省很多時間（每個實驗室情況可能不一樣）。

14、DNA提取后建議用水溶解DNA，因為TE buffer里的EDTA可能會影響PCR反應體系中的Mg2+。

15、溶解DNA的水量可以根據PCR反應體系的要求適當調整。