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1、注意正確地使用和存放色譜柱，不銹鋼柱色譜柱可選用以下的溶劑保存：正相柱用烴類溶劑，反相柱用甲醇，離子交換柱用水或甲醇/水。某些分析色譜柱要注意規定的保存條件。另外，要注意溶液的PH值，一般控制在PH2－8范圍內，其硅膠柱PH＞8時會發生硅膠溶脫的情況，鍵合型柱PH＜2時會發生鍵合相斷裂。
2、色譜柱污染后可采用合適的溶劑沖洗，使柱效再生。
⑴硅膠柱可以使用正庚烷、氯仿、乙酸乙酯、丙酮、乙醇和水按順序沖洗色譜柱，經過凈化的色譜柱必須進行水活化，即按上述相反的順序沖洗。柱再生時所需要的有機溶劑要嚴格進行脫水處理。
⑵反相柱可以用甲醇、氯仿、正庚烷沖洗，鍵合C18柱一般用甲醇沖洗，必要時可用0.5 M EDTA鈉鹽溶液沖洗，然后用水沖洗，以達到去除柱內鹽類。
⑶鍵合型的離子交換柱可以用緩沖溶液、水、甲醇沖洗。
3、對污染嚴重的色譜柱在沖洗無效時，需將柱內填料取出進行處理或更換新的填料，還可以用更換柱頭填料的方法即將柱頭入口處的被污染的填料取出，重新補裝和柱內同類型的填料，然后在改變柱流向進行再生。這種逆流再生柱的方法，可以救活大部分柱子。
4、注入色譜柱的溶劑、標液、樣品溶液都必須嚴格過濾，以去除雜質，防止堵塞色譜柱。當用反沖洗方法無效時，可將柱口過濾裝置取下，用弱酸溶液處理，去除污物或定期更換。
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