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貯液器：清潔是保持流動相貯液器正常使用的關鍵，要盡可能使用HPLC級的溶劑和試劑含有緩沖鹽和非HPLC級的流動相一定要通過0.5μm的過濾器以除去其中的微粒物質。改變流動相時應防止交叉污染，陳舊的流動相和用久了的試劑瓶應定期廢棄，防止生長微生物和組分改變。貯器內壁定期清洗，里面的附件要經常更換。
泵：泵的密封圈是zui易磨損的部件，密封墊圈的損壞可引起系統的許多故障。有人建議3個月換一次墊圈。但也不能一概而論，要看墊圈的材料質量，使用壓力大小、保養以及緩沖液的情況而定。
進樣器：停機后要用溶劑沖洗干凈進樣器內殘留的樣品和緩沖鹽，防止無機鹽沉積和樣品微粒造成閥轉子面磨損或阻塞，嚴禁用氣相色譜那樣的尖針頭進樣。
色譜柱：防止柱性能下降有以下幾方面的措施：
1 溶劑的化學腐蝕不能太強；
2 避免微粒在柱頭沉降；
3 泵上要裝壓力限制器，防止壓力過高沖擊大；
4 流動相PH>7時用大粒度同種填料作預柱；
5 柱頭加燒結片不銹鋼濾片，需要時加保護柱；
檢測器：要保持檢測器清潔，每天用后連同色譜柱柱一起沖洗。提倡不定期用強溶劑反向沖洗檢測池（拆開柱）。用脫過氣的流動相，防止空氣泡卡在池內。檢測器燈有一定的壽命，不用時不要打開燈。
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