1.  FID雖然是通用型檢測器，但是有些物質在此檢測器上的響應值很小或無響應。這些物質包括*氣體、鹵代硅烷、H2O、NH3、CO、CO2、CS2、Ccl4等等。所以，檢測這些物質時不應使用FID。
　　2. FID是用氫氣和空氣燃燒所產生的火焰使被測物質離子化的，故應注意安全問題。在未接色譜柱時，不要打開氫氣閥門，以免氫氣進入柱箱。測定流量時，一定不能讓氫氣和空氣混合，即測氫氣時，要關閉空氣，反之亦然。無論什么原因導致火焰熄滅時，應盡快關閉氫氣閥門，直到排除了故障，重新點火時，再打開氫氣閥門。儀器有自動檢測和保護功能，火焰熄滅時可自動關閉氫氣。
　　3. FID的靈敏度與氫氣、空氣和氮氣的比例有直接的關系，因此要注意優化。一般三者的比例接近或等于1：10：1 ，如氫氣30~40ml/min ，空氣300~400ml/min ，氮氣30~40ml/min 。另外，有些儀器設計有不同的噴嘴分別用于填充柱和毛細柱，

　　4.為防止檢測器被污染，檢測器溫度設置不應底于色譜柱實際工作的高溫度。一旦檢測器被污染，輕則靈敏度下降或噪聲增大，重則點不著火。消除污染的辦法是清洗，主要是清洗噴嘴表面和氣路管道。具體辦法是拆下噴嘴，依次用不同的溶劑（丙酮、氯仿和乙醇）浸泡，并在超聲波水浴中超聲10min以上。還可用細不銹鋼絲穿過噴嘴中間的孔，或用酒精燈燒掉噴嘴內的油狀物，以達到*清洗的目的。有時使用時間長了，噴嘴表面會積碳（一層黑色的沉積物），這會影響靈敏度。可用細紗紙輕輕打磨表面除去。清洗之后將噴嘴烘干，再裝在檢測器是進行測定