一、原位雜交( In Situ Hybridization,ISH) 
是用標記的核酸探針，使用非放射檢測系統或放射自顯影系統，在組織切片、細胞涂片及染色體制片上等對核酸進行定性、定位和相對定量研究的一種分子生物學方法，具有靈敏、特異、直觀等優點。已逐漸成為分子生物學和分子病理學的常見技術之一，廣泛應用于腫瘤生物學、血液病理學、遺傳、微生物學、細胞和分子生物學、神經內分泌學、免疫學等領域及治療評估和預后判斷等研究中。 
菌落原位分子雜交：是指將轉化或感染后的菌落印影在濾膜上，用堿裂解，中和后洗凈烘干，再用目的基因的放射性DNA或mRNA作探針(Probe)進行雜交放射自顯影，凡出現黑點的菌落即應中選。

二、熒光原位雜交(Fluorescence in situ Hybridization) 
是原位雜交技術大家族中的一員，因其所用探針被熒光物質標記（間接或直接）而得名，該方法在80年代末被發明，現已從實驗室逐步進入臨床診斷領域?；驹硎菬晒鈽擞浀暮怂崽结樤谧冃院笈c已變性的靶核酸在退火溫度下復性；通過工業區光顯微鏡觀察熒光信號可在不改變被分析對象（即維持其原位）的前提下對靶核酸進行分析。DNA熒光標記探針是其中zui常用的一類核酸探針。利用此探針可對組織、細胞或染色體中的DNA進行染色體及基因水平的分析。在該領域中產品頗具名氣的公司之一為美國Vysis公司，它是一家專業生產FISH產品的公司，其產品涉及到熒光標記探針，雜交，檢測用試劑，雜交用儀器，觀察分析用儀器用及軟件等，幾乎涵蓋FISH技術所需的所有試劑和設備。 
熒光標記控針不對環境構成污染，靈敏度能得到保障，可進行多色觀察分析，因而可同時使用多個探針，縮短因單個探針分開使用導致的周期過程和技術障礙。Vysis公司的熒光標記探針均為直接法標記，可省去信號放大系統，減少試劑投入且保障更大程度的特異性，同時也有信號清晰，背景低及方法簡單易于操作等優點。