生物安全柜可分為一級、二級和三級三大類以滿足不同的生物研究和防疫要求。一級生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。氣流原理和實驗室通風櫥一樣，不同之處在于排氣口安裝有HEPA 過濾器。所有類型的生物安全柜都在排氣和進氣口使用HEPA過濾器。一級生物安全柜本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能保護柜內樣品，目前已較少使用。

        二級生物安全柜是目前應用的柜型。按照NSF49的中的規定，二級生物安全柜依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4個級別：A1，A2原B3,B1和B2。所有的二級生物安全柜都可提供工作人員、環境和樣品的保護。
   
        三級生物安全柜是為4級實驗室生物安全等級而設計的，柜體*氣密，工作人員通過連接在柜體的手套進行操作，俗稱手套箱Golvebox　，試驗品通過雙門的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗。
 
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