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士鋒生物骨、牙組織模板DNA提取實驗方法優化

來源:上海士鋒生物科技有限公司   2013年11月12日 07:34  

 1 主要配制試劑

 

1)0.5M Na2EDTA PH8.0

2) Proeinase K(20 μg/ul)

3)6M GuSCN 10ml

GuSCN 7.2g

加D·W至10ml

水浴60℃~65℃溶解

4) 二氧化硅懸浮液(Silica susponsion、用前混勻)

Silica 12g加D、W至100l

充分混勻置于100ml量筒內室溫沉降24小時

取上層溶液85ml加D、W至100ml,置于100ml量筒內充分混勻室沉降5小時

取上層溶液85ml加12μl 10M HCL、充分混勻

分裝、高壓滅菌(121℃ 20min)備用。

5) 70%乙醇(-20℃)

6)丙酮(-20℃)

7)Nuclease free H2O

2 主要儀器

旋轉混搖器(rotator)

電泳儀

紫外分析

調速搖床(Rocker Platform)

Shimadzu UV-250型紫外分光光度計

3 操作步驟

3.1 樣本準備

1)骨:骨高壓滅菌細沙紙磨去骨表面0.5mm厚層,254nm紫外線照射1小時以防外源性DNA污染;然后用冷的去離子水、乙醇、各振搖15分鐘,取出干燥。將骨片放入盛有液氮搪瓷碗內用小型手電鉆鉆取骨粉備用。

2)牙:254nm紫外線照射1小時,然后用冷的去離子水、乙醇、各振搖15分鐘,干燥后在液氮中冷凍24小時。用高壓滅菌的密度白布包裹,榔頭敲擊成細粉沫備用。

3.2 骨、牙組織DNA分離和純化

1)流程圖

樣本+DNA提取buffer消化

二氧化硅結合DNA

70%乙醇、丙酮洗滌硅珠

56℃洗提DNA

去除二氧化硅

轉移DNA溶液

-20℃保存備用

2)操作

①取骨粉0.25g(牙粉沫0.1g)置于1.5Eppendorf管,加1.0ml 0.5M Na2EDTA(PH8.0),25μl proteinase K(20μg/μl)。將Eppendorf管置于旋轉混搖器上,室溫混搖24小時。

②將樣品Eppendorf管置于56℃干熱器上繼續消化2小時。

③離心13000rpm,5分鐘。

④取上清液700μl移至另一潔凈1.5ml Eppendorf管中(棄沉渣),加700μl 6M GuSCN,20⑤μl二氧化硅懸浮液置于旋轉混搖器上,室溫混搖2小時。

⑤離心13000rpm,20秒,充上清液保留硅珠。

⑥用-20℃ 70%乙醇洗滌硅珠兩次,每次離心13000rpm,20秒。

⑦用-20℃丙酮洗滌一次,離心13000rpm,20秒。

⑧樣品Eppendorpf管置于56℃干熱器上,15分鐘洗提DNA,每5分鐘振搖一次。

⑨離心13000rpm 2分鐘,將60μl DNA溶液移至0.5ml Eppendorf中,置于-20℃保存備用。

3.3 DNA定量

3.3.1 凝膠定量

1)配制1%瓊脂糖凝膠:將2g瓊脂糖加入200ml 1×TBE緩沖液中,煮沸溶化,待冷卻至60℃加入10μlEB,充分混勻。

2)將瓊脂糖溶化液灌入制膠模具,放置30分鐘,使其冷卻固化。

3)小心取出加樣硫,將已制好凝膠放入電永槽,加1×TBE緩沖液使其高出膠面約1cm。

4)將標準含量(30μg/ml、20ng/ml、10ng/ml、50μg/ml)DNA樣品,標準DNA分子量Marker和可見性DNA參照置于干熱器孵育5分鐘,稍離心。

5)將可見性DNA參照物及用作下量尺度的標準量DNA各10μl及待測DNA樣品按從左向右依次加入膠中,兩側加標準DNA分子量Marker。

6)150v電壓電泳30分鐘。

7)紫外分析儀上觀察結果并照像,與標準品對照推算樣本DNA含量。

3.3.2 紫外分光光度計法

采用Shimadzu UV-250型紫外可見分光光度計測定DNA濃度,儀器預熱10分鐘,用1.0ml去離子水校正零點,吸取10μl DNA樣品加990μl去離子水混勻,轉入石英比色杯中。在260nm,280nm和320nm處讀出光密度。依據公式DNA樣品濃度=A260×核酸稀釋倍數×50‰;提取DNA溶液中蛋白含量=1.55×(A280-A320)-0.76×(A260-A320)進行計算,核酸純度由A260/A280的比率進行估計。

4 注意事項

1.本技術標準運用于自然條件下保存6~60年骨。

2.不同處理保存狀況對骨組織DNA穩定性影響不同(如加堿水煮,火燒等),骨組織DNA骨減少。

3.本技術采用高壓滅菌細砂紙磨去骨表面0.5mm厚層,254nm紫外線照射1小時消除外源性DNA污染。

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