組織前處理在組織制片中以冷凍切片（厚10～30μm）*。切片貼在預先清潔，高溫處理并涂以粘附劑載玻片上，先在37℃預干燥4h，然后置于37℃烤箱中過夜。經過上述處理的切片如在-20℃可保存2～3周，在-70℃可保存數月之久，有報告可保存數年之久的。但仍以新鮮制片為好。如為石蠟包埋切片，應脫蠟經梯度酒精入水。一般不提倡浸入二甲苯溶液。但在細胞內mRNA含量高時應用二甲苯脫蠟后仍能顯示。經水洗后入37℃烤箱4h或過夜，然后進行雜交前處理。

　　在烘烤及低溫保存時，為防塵埃及空氣中RNA酶的污染，宜用錫箔紙（foilpaper）包被，內加少許干燥劑（變色硅膠）。
　　下列步驟所需玻璃器皿均需消毒，操作者需戴手套。
　　（1）PBS洗2×3min。
　　（2）選擇少數幾張切片作為“RNA酶對照片”。
　　其它切片暫放于PBs 內。
　　RNA酶對照片處理方法：加RNA酶（100μg/ml）在預熱37℃的溶液內。放在潮濕的盛有少許2×SSC塑料盒或蒸發皿內。在每張切片上覆以過量的RNA酶溶液，在37℃孵育30min后用2×SSC沖洗，2×3min，然后與其它保存在PBS的切片一起進行下列處理。
　　（3）蛋白酶K消化：將組織切片放在0.1mol/l Tris/50mmo/L EDTA pH8.0，內含蛋白酶K1μg/ml，孵育15～20min。消化時間應根據組織的種類，厚度反復試驗調整。時間過短探針不易進入，過長影響細胞或組織的形態結構。
　　（4）0.1mol/L甘氨酸/PBs 5min終止蛋白激酶K反應。0.25%乙酸酐（0.1mol/l 三乙醇胺配制）10min。
　　（5）在4%多聚甲醛/PBS3min。
　　（6）以PBs 漂洗2×3min。
　　（7）浸入新鮮配制的0.25%乙酸酐（0.1mol/L三乙醇胺配制）10min，以封閉非特異性結合部位。
　　（8）2×SSC漂洗15min。

　　2．雜交以含cRNA探針（0.5ng/ml）的雜交液，按每張切片10～2μl的量覆蓋切片。地高辛配基標記的cRNA核酸探針保存濃度為2.5ng/ml，用前稀釋備用。覆以硅化蓋玻片或塑料蠟膜，置于盛有少量2×SSC溫盒內在42℃，16～18h或過夜。

3．顯示
　　（1）用緩沖液1沖洗雜交后的載片2×3min。
　　（2）在緩沖液1中10min，室溫以封閉非特異性結合部位。
　　（3）拭干切片周圍的載片，注意保持切片濕潤。加數滴抗地高辛抗血清（工作濃度1：500，以緩沖液1稀釋），孵育2h，室溫。
　　（4）緩沖液1漂洗3×3min。
　　（5）浸入緩沖液210min室溫。
　　（6）浸入底物中孵育10～30min（或更長時間，視需要而定），底物內含顯色BCIP/NBT，室溫。用錫箔紙包裹反應盒，使顯色在黑暗中進行。定期取出切片在顯微鏡下檢測反應強度。根據反應強度決定延長或終止反應。反應顏色為紫藍色。
　　（7）將切片浸入緩沖液3以終止反應。
　　（8）復染，可用1%伊紅、1%蘇木精、1%亮綠或5%的焦寧（又稱派咯寧丫）（pyronin 丫）10～30s。
　　（9）流水洗5～10min，直至水無色為止。
　　（10）在切片未干前，以PBS/甘油封固切片，如要*保存，可以用DPX在蓋片四周封固。為去除水份，在封固前可進行梯度酒精脫水，透明，DPX封固，但每步時間僅需幾秒鐘，時間過長易致褪色。