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核基質是指真核細胞間核中除核被膜、染色體和核仁以外的一個精密網架系統，既包含蛋白質，又包含RNA。核基質是從純化的細胞核中分離的。要用去污劑、核酸酸處理細胞核。以分離核基質的每一步中抑制核酸酶的活性非常重要。
本文介紹1986年Comerford使用過的分離細胞核基質的方法和步驟。
1. 大鼠肝臟（50~100g）剪碎，加3倍體積的10mmol/L Tris-HCl、2mmol/L MgCl2、250mmol/L蔗糖、1mmol/L EDTA、1mmol/L PMSF（PH=7.4，4℃）。勻漿后通過幾層紗布過濾，在4℃，勻漿液以800gmax（用的是MSE Chilspin離心機，4*100ml轉子，2100r/min）離心10分鐘。把沉淀重新懸浮在勻漿緩沖液里，該緩沖液包含56%（質量濃度）蔗糖，再在4℃以60000gmax（用Sorvall OTD50超速離心機，A641轉子，28000r/min）離心90分鐘。把沉淀用20mL勻漿緩沖液洗兩次。
2. 把細胞核沉淀重新懸浮在20mL STEM緩沖液中[STEM：50mmol/L Tris-HCl，50mmol/L MgCl2、250mmol/L蔗糖、1mmol/L EGTA、1mmol/L PMSF（PH=7.4，4℃）]，加入四硫酸鈉，終濃度為0.2mmol/L。在4℃孵育后，加入N-乙酰馬來酰亞胺（N-ethylmaleimide，NEM），終濃度為5mmol/L。
3. 在800 gmax離心沉淀細胞核，并用20mL STEM洗三次，把細胞核重新懸浮在20ml STEM中，補加20μg/mL DNase I（Boehringer, grade I），在37℃孵育20分鐘，再在800 gmax離心回收沉淀。
4. 把沉淀懸浮在20mL LS緩沖液里[LS緩沖液：10mmol/L Tris-HCl，0.2mmol/L MgCl2、1mmol/L EGTA、10mmol/L PMSF（PH=7.4，4℃）] ,在4℃孵育10分鐘, 再在800 gmax離心10分鐘回收沉淀。
5. 把沉淀重新懸浮在1mL 含有70%（質量濃度）蔗糖的LS緩沖液里。上面鋪放3層蔗糖梯度，各2ml 60%，50%和40%（質量濃度）蔗糖（用含2mol/L NaCl的LS緩沖液配制蔗糖溶液）。在800 gmax離心1小時，細胞核基質在40%和50%蔗糖分離界面?；厥蘸笥肧TEM緩沖液（10ml）洗一次。
該方法可用于各種類型細胞核基質的分離。
湖南湘立研制生產的幾款醫用離心機可以用來進行細胞分離，如DL5M/TDL5M兩種型號的低速冷凍離心機可用來進行干細胞實驗。XL03RH型控溫離心機（低速冷凍離心機）可用來進行溫度敏感型人體細胞分離。
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