生物顯微鏡的安放應選擇干燥清潔的房間，以避免光學部件發霉、金屬部分生銹以及粘滿灰塵。顯微鏡使用完畢后，即放回箱（柜）內，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操劑。

　　不要自行拆卸各部件;鏡筒要插上接目鏡或益上鐐苗蓋，避免灰塵從鏡筒上部進入;透鏡表面不要用手指碰觸或拭擦，如有灰塵，先用柔軟毛筆輕輕拂去，再用柔軟的清潔細布拭撩，也可用擦鏡紙蘸少許二甲苯或石油迷試擦，但注意不要在透鏡表面劃出條紋。如鏡片有輕度長霉，用擦繞紙擦不去時，可用棉簽蘸少許70%乙醇與30%乙迷混合液輕輕拭撩。

　　生物顯微鏡不可與腐蝕性酸類、減類或揮發性強的化學藥品放在一起，以免被腐蝕，縮短使用年限。原則上，當觀察含液體的標本時，一般都要蓋上蓋玻片;若液體中含有酸、堿等腐蝕性化學物質時，應把蓋玻片的四周用石蠟或凡士林封住，然后觀察。但由于進行中藥顯微鑒定時，經常要用這一類試劑，不可能都封固，因此要特別小心，防止液體流到載物臺上，吏不要沾到物鏡上。

　　生物顯微鏡不應在直射陽光下暴曬，也不要放在靠近爐子或暖氣的地方，以避免過劇的冷熱變化引起透鏡和機件的脫膠、變形或損壞。

　　清潔接物鏡只限于外表面。接物面被藥品污染后即用撩鏡紙蘸少許擦鏡液拭擦（不要用乙醇）;若背面須清潔時，可用柔軟毛筆拂拭，或用皮吸頭吸去灰塵。

　　使用油鏡后，須將鏡頭上的香柏油拭探干凈（可用擦鏡紙蘸少許二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不能滲入鏡頭內部，否則二甲苯溶解透鏡之間的粘合劑，可使鏡片脫落）。

　　加機械部分不靈活，可用細綢布蘸二甲苯少鈞：拭去銹和油膩（不得用乙醇，因為這些溶劑會侵蝕油漆），再用少許液體石服潤滑;旋扭過緊不要強行扭動，以免損壞。