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高通量測序技術的應用及前景

來源:金壇市精達儀器制造廠   2010年01月05日 21:25  

金壇市精達儀器制造廠.---高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變, 一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定, 因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變, 同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能, 所以又被稱為深度測序(deep sequencing). 高通量測序平臺的代表是羅氏公司(Roche)的454測序儀(Roch GS FLX sequencer), Illumina公司的Solexa基因組分析儀(Illumina Genome Analyzer)和ABI的SOLiD測序儀(ABI SOLiD se-quencer). 2008年4月Helico BioScience公司的Timothy等人在Science上報道了他們開發的真正的單分子測序技術, 并利用該技術對一個M13病毒基因組進行重測序. 這項技術之所以被稱為真正的單分子測序, 是因為它*跨過了上述3種高通量測序依賴的基于PCR擴增的信號放大過程, 真正達到了讀取單個熒光分子的能力, 向1000美元測定一個人類基因組的目標邁出了一大步.

這些平臺共同的特點是*的測序通量, 相對于傳統測序的96道毛細管測序, 高通量測序一次實驗可以讀取40萬到400萬條序列. 讀取長度根據平臺不同從25堿基到450堿基, 不同的測序平臺在一次實驗中, 可以讀取1G到14G不等的堿基數, 這樣龐大的測序能力是傳統測序儀所不能比擬的.

高通量測序的應用

高通量測序可以幫助研究者跨過文庫構建這一實驗步驟, 避免了亞克隆過程中引入的偏差. 依靠后期強大的生物信息學分析能力, 對照一個參比基因組(reference genome)高通量測序技術可以非常輕松完成基因組重測序(re-sequence), 2007年van Or-souw等人[56]結合改進的AFLP技術和454測序技術對玉米基因組進行了重測序, 該重測序實驗發現的超過75%的SNP位點能夠用 SNPWave 技術驗證, 提供了一條對復雜基因組特別是含有高度重復序列的植物基因組進行多態性分析的技術路線. 2008年Hillier對線蟲CB4858品系進行Solexa重測序, 尋找線蟲基因組中的SNP位點和單位點的缺失或擴增. 但是也應該看到, 由于高通量測序讀取長度的限制, 使其在對未知基因組進行從頭測序(de novo sequencing)的應用受到限制, 這部分工作仍然需要傳統測序(讀取長度達到850堿基)的協助. 但是這并不影響高通量測序技術在全基因組mRNA表達譜, microRNA表達譜, ChIP-chip以及DNA甲基化等方面的應用.www.jingda17.net

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