一、進樣后不出色譜峰的故障：氣象色譜儀在進樣后檢測信號沒有變化，儀不出峰，輸出仍為直線。遇到這種情況時，應按從樣品進樣針、進樣口到檢測器的順序逐一檢查。
　　
　　1、首先檢查注射器是否堵塞，如果沒有問題，
　　
　　2、再檢查進樣口和檢測器的石墨墊圈是否緊固、不漏氣，
　　
　　3、然后檢查色譜柱是否有斷裂漏氣情況。
　　
　　二、基線問題：氣相色譜基線波動、飄移都是基線問題，基線問題可使測量誤差增大，有時甚至會導致儀器無法正常使用。
　　
　　1、遇到基線問題時應先檢查儀器條件是否有改變，近期是否新換氣瓶及設備配件。
　　
　　2、如果有更換或條件有改變，則要先檢查基線問題是不是由這些改變造成的，一般來說，這種變化往往是產生基線問題的原因。有些人在工作中就遇到過這種情形：新載氣純度不夠，換過載氣之后，基線逐漸上升（由于載氣凈化管的原因，基線不是馬上變化的）。第二天開機之后，基線非常高，并伴有基線強烈抖動，所有峰都湮沒在噪音中，無法檢測。經過檢查，問題出現在新換的載氣上，重新更換載氣后，立即恢復了正常。
　　
　　3、當排除了以上可能造成基線問題的原因后，則應當檢查進樣墊是否老化（應養成定4、zui后觀察檢測器出口是否暢通。期更換進樣墊的好習慣）；
　　
　　4、石英棉是不是該更換了；
　　
　　三、造成峰丟失的故障：
　　
　　（一）*種情況可通過多次空運行和清洗氣路（進樣口、檢測器等）來解決。
　　
　　1、為了減少對氣路的污染，可采用以下的措施：程序升溫的zui后階段應有一個高溫清洗過程；
　　
　　2、注入進樣口的樣品應當清潔；
　　
　　3、減少高沸點的油類物質的使用；
　　
　　4、使用盡量高的進樣口溫度、柱溫和檢測器溫度。