ABI 4404689 3500xL 遺傳分析儀用戶指南

一、產品概述

ABI 4404689 3500xL 遺傳分析儀是賽默飛世爾科技（Thermo Fisher Scientific）旗下Applied Biosystems品牌推出的一款24道毛細管電泳平臺，專為高通量基因分析設計。該儀器采用50 cm長毛細管陣列，單次運行時間約125分鐘，支持基因片段分析、蛋白質質量分析及DNA測序等應用，廣泛應用于法醫學、臨床診斷、藥物基因組學及農業生物技術領域。

二、技術規格

• 毛細管配置：24道預裝配毛細管陣列（50 cm長度），內置框架便于安裝

• 運行時間：125分鐘（標準測序模塊）

• 檢測靈敏度：支持≥420 bp讀長（36 cm毛細管+POP-4™聚合物）

• 通量：

• HID模式：≥936份樣品/天（POP-7™聚合物+50 cm毛細管）

• 測序模式：≥264份樣品/天

• 操作系統：Windows 7 SP1（64位）

• 軟件兼容性：GeneMapper® ID-X、Sequencing Analysis v5.4

• 耗材管理：RFID技術實時追蹤聚合物、緩沖液及毛細管使用狀態

• 運行環境：室溫15–30°C，濕度20–80%（非冷凝）

三、核心功能與應用

1. 高精度片段分析

• 支持STR基因座分型、微衛星不穩定性（MSI）檢測及SNP驗證。

• 內標（如GeneScan™ 600 LIZ™）確保片段大小準確性，適用于法醫人類身份鑒定及腫瘤遺傳學研究。

2. 高通量測序

• 兼容POP-4™、POP-7™等多種聚合物，滿足不同測序需求。

• 搭配BigDye® Terminator v3.1測序試劑盒，實現高效、準確的DNA測序。

3. 蛋白質質量分析

• 結合Hi-Di™ Formamide變性劑，可對蛋白質樣品進行毛細管電泳分離，適用于蛋白質組學研究。

四、操作流程

（一）儀器準備

1. 開機自檢

• 打開電腦及3500xL電源，啟動3500 Data Collection Software。

• 監控系統狀態，確保陰極緩沖液（CBC）、陽極緩沖液（ABC）及毛細管耗材充足。

2. 耗材安裝

• 使用RFID掃描耗材包裝，確認有效期及批次信息。

• 安裝毛細管陣列時，確保毛細管未包被且無氣泡。

（二）樣品制備

1. 測序反應

• 推薦使用EdgeBio收集柱純化質粒DNA（OD260/OD280=1.6–2.0，用量150–300 ng）。

• PCR產物測序前需純化，避免引物二聚體干擾。

2. 上樣體系

• 測序：10 μL Hi-Di™ Formamide + 10 μL純化樣品，振蕩混勻后離心。

• 片段分析：按試劑盒說明配制上樣體系（如甲酰胺、分子量內標、PCR產物）。

（三）運行設置

1. 創建平板

• 在3500 Data Collection Software中選擇“Create Plate from Template”，輸入平板名稱及參數（如毛細管長度、聚合物類型）。

• 分配樣品名稱及檢測項目（Assays），保存平板信息。

2. 啟動運行

• 將96孔板放入自動進樣器，點擊“Start Run”。

• 運行過程中，可通過“Monitor Run”界面實時查看電泳圖譜及電流、電壓、溫度（EPT）參數。

（四）數據分析

1. 原始數據導出

• 運行結束后，在“Review Results”界面查看電泳結果。

• 導出原始數據（ab1格式）至Sequencing Analysis v5.4進行堿基識別。

2. 結果解讀

• 使用GeneMapper® ID-X軟件分析STR分型結果，設置閾值及等位基因階梯（Allelic Ladder）。

• 測序結果通過QC報告（如QV評分）評估堿基準確性。

五、維護與校準

1. 日常維護

• 每周檢查陰極緩沖液液面，補充雙蒸水至毛細管插入液面下。

• 清潔儀器表面，避免使用有機溶劑。

2. 校準

• 空間校準：選擇“Maintainance → Calibrate → Spatial”，按提示完成校準。

• 光譜校準：更換毛細管或試劑盒時，執行光譜校準（需6色系統光譜校準試劑）。

3. 耗材更換

• 聚合物消耗：POP-4™（384份樣品/14天）、POP-7™（960份樣品/50次進樣）。

• 毛細管壽命：建議每6–12個月更換一次。

六、注意事項

1. 安全規范

• 本儀器僅供科研使用，不可用于臨床診斷。

• 操作時佩戴手套及護目鏡，避免接觸高濃度甲酰胺。

2. 環境要求

• 室溫波動需控制在±2°C以內，濕度過高可能導致毛細管結露。

3. 故障排除

• 如遇毛細管堵塞，可嘗試“Remove Bubbles”功能或聯系技術支持。

• 數據質量異常時，檢查耗材狀態及校準參數。