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制備色譜儀主要用于分離和純化混合物中的高純度化合物。它通過色譜技術將混合物中的各個組分分離出來，并收集所需的高純度化合物。制備色譜儀在化工以及天然產品提取等領域有著廣泛的應用。
色譜儀基于組分在固定相和流動相中分配差異實現分離。流動相攜帶樣品流經固定相時，各組分因與兩相作用力不同，遷移速率不同，依次從固定相洗脫。檢測器將組分濃度轉化為電信號，形成色譜圖用于定性和定量分析。具體到制備色譜，它側重于有效地獲得一定量的一定純度的純化目標化合物，以滿足研究、開發或生產的需求。
制備色譜儀的工作流程包括以下幾個步驟：
進樣：將待分離的混合物通過注射器注入到色譜柱中。
分離：利用高壓泵將流動相(通常是溶劑或溶劑混合物)以一定的流速推入色譜柱，與混合物進行相互作用。在色譜柱內，各組分根據其與固定相的親和力不同，經過一系列的吸附、解吸過程，從而實現混合物的分離。
檢測和收集：通過檢測器對各組分進行檢測，并收集所需的高純度化合物。
特點
規模大：制備色譜相對分析色譜，所用設備規模大，液相泵流量在0.01L - 20L每分鐘，甚至更大；色譜柱的內徑10mm - 1000mm，或更大；上樣量mg - Kg級別，上樣體積在20mL以內的，可以用進樣閥配大體積定量環，體積更大時就需要直接匹配一個額外的上樣泵，用泵上樣。
純化目標明確：與分析色譜主要關注混合物中各組分的定位和含量測定不同，制備色譜更關心的是產品純度、收率以及效率。
流動相選擇有原則：流動相試劑及添加劑沸點要盡量低，或者易分解揮發，方便產品干燥，溶劑去除；流動相對所分離的樣品要有穩定性，不會破壞目標化合物；流動相對樣品要有一定的溶解性，以防進樣后樣品析出，堵塞進樣系統或制備柱。
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